施工单位和监理单位为不同子公司的情况，在法律上并没有直接的禁止性规定，因此从合规性角度讲，这种安排本身并不违法。不过，是否合规还需结合具体情况从多个角度进行深入分析：

1. 合同关系与独立性：

   • 施工单位和监理单位作为独立的法人实体，它们之间以及它们与建设单位之间应当通过合同来明确各自的权利和义务。只要这些合同是合法有效的，且各方均按照合同约定履行义务，那么它们之间的不同子公司关系并不构成合规性问题。
   • 例如，如果建设单位与施工单位签订了施工合同，同时与另一家监理公司（该监理公司为另一子公司的关联方或独立第三方）签订了监理合同，且合同内容合法、条款清晰，那么这种安排就是合规的。

2. 利益冲突与公正性：

   • 尽管施工单位和监理单位为不同子公司，但它们之间可能存在潜在的关联关系或利益联系。这种情况下，需要确保监理单位在履行职责时能够保持公正性和独立性，不受施工单位的不当影响。
   • 如果监理单位因与施工单位存在关联关系而未能有效履行监理职责，导致工程质量问题或安全事故，那么监理单位及其关联方（包括施工单位）可能面临法律责任。

3. 行业规范与监管要求：

   • 某些行业或地区可能对施工单位和监理单位的关系有特定的规范或监管要求。例如，可能要求监理单位必须与施工单位无任何关联关系，以确保监理的公正性。
   • 因此，在具体项目中，需要查阅并遵守相关的行业规范、地方性法规或监管要求，以确保施工单位和监理单位的不同子公司关系符合这些规定。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，建设单位应谨慎选择施工单位和监理单位，确保它们之间不存在可能影响公正性的关联关系。
   • 同时，建设单位应加强对施工单位和监理单位的监督和管理，确保它们按照合同约定履行义务，并及时处理可能出现的问题。

建议：

• 在安排施工单位和监理单位为不同子公司时，建设单位应充分了解并评估它们之间的关联关系及其可能对项目产生的影响。
• 签订合同时，应明确各方权利和义务，特别是监理单位的独立性和公正性要求。
• 在项目实施过程中，加强监督和管理，确保各方按照合同约定履行义务，并及时处理可能出现的问题。

如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会结合你的具体情况提供更详细的解答。