结论：老板在年后离职时从工资里扣掉过年发的一千元，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下，若该一千元属于福利性质且双方无特别约定，老板扣款行为不合法；若属于预支工资或借款且有明确约定，则可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、若一千元属于福利性质
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，而福利则是用人单位为改善劳动者生活条件、提高劳动者福利待遇而给予的额外待遇。过年发放的一千元，若明确为节日福利或奖金，则属于福利范畴。
法律分析：
- 福利并非工资的组成部分，用人单位无权因劳动者离职而要求返还。因此，若老板在年后离职时从工资里扣掉过年发的一千元作为福利的返还，这一行为通常是不合法的。
建议：
- 劳动者可以与老板进行沟通，明确该一千元的性质，并要求老板按照法律规定支付工资。若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
二、若一千元属于预支工资或借款
法律背景：
- 如果过年发放的一千元是预支的工资或借款，并且双方有明确的书面或口头约定，如离职时需从工资中扣除等，那么这一行为可能受到法律的保护。
法律分析：
- 在这种情况下，老板扣款的行为可能基于双方的约定，因此具有一定的合法性。但需要注意的是，任何扣款行为都应遵循合法、合理、透明的原则，且不得违反法律法规的强制性规定。
建议：
- 劳动者应仔细审查与老板之间的约定，确保扣款行为符合双方的约定和法律法规的规定。若认为扣款行为不合理或违法，劳动者可以与老板进行协商，或向当地劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。
三、特殊情况考虑
- 双方约定不明：如果双方对于过年发放的一千元性质及离职时是否需返还等事项约定不明，那么应倾向于保护劳动者的权益，认为该一千元属于福利性质，老板无权扣款。
- 用人单位规章制度：若用人单位有明确的规章制度规定过年发放的福利在离职时需返还，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么劳动者在离职时可能需要遵守这一规定。但即便如此，用人单位也应确保扣款行为的合法性和合理性。
进一步思考：在实际操作中，劳动者应保留好与过年发放一千元相关的证据，如转账记录、聊天记录、公司通知等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。同时，劳动者在离职前也应与老板进行充分的沟通，明确离职后的工资结算、福利返还等事项，避免不必要的纠纷。
总结：老板在年后离职时从工资里扣掉过年发的一千元是否合法，需根据该一千元的性质及双方的约定来判断。若属于福利性质且双方无特别约定，则老板扣款行为不合法；若属于预支工资或借款且有明确约定，则可能合法。劳动者在遇到此类问题时，应仔细审查相关证据和约定，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。