结论前置：公司因员工辞职而扣除过年发放的福利是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若福利属于工资范畴：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，包括基本工资、奖金、津贴和补贴等。过年发放的福利，如果属于工资的一部分（如年终奖、十三薪等），则公司无权因员工辞职而扣除。
   • 法律依据：《工资支付暂行规定》第九条规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。因此，若福利属于工资，公司扣除属于违法行为。

2. 若福利属于非工资性福利：

   • 非工资性福利，如节日礼品、购物卡等，通常不属于劳动报酬的范畴，而是公司给予员工的一种额外奖励或关怀。对于这类福利，公司是否可以在员工辞职时扣除，需依据公司规章制度或劳动合同中的具体约定。
   • 分析：如果公司规章制度或劳动合同中明确规定，员工在辞职时需退还或扣除部分非工资性福利，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除福利的行为可能被视为合法。但需注意，此类规定应合理且明确告知员工，否则可能因显失公平或未告知员工而无效。
   • 例外情况：即使公司规章制度或劳动合同中有相关规定，但如果扣除的福利金额过高，或扣除行为对员工造成了不合理的经济负担，员工仍有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院申请仲裁或提起诉讼，要求公司返还被扣除的福利。

3. 实际操作建议：

   • 对于员工而言，在辞职前应仔细阅读公司规章制度和劳动合同，了解公司对于福利发放和扣除的具体规定。如果公司存在违法行为或不合理规定，员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 对于公司而言，应制定合理、合法的规章制度，并明确告知员工。在扣除员工福利时，应确保扣除行为符合法律法规和公司规章制度的规定，避免引发劳动争议。

总结：公司因员工辞职而扣除过年发放的福利是否合法，需根据福利的性质（是否属于工资范畴）以及公司规章制度或劳动合同中的具体约定来判断。如有疑问或争议，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律解答。