用人单位通过他人代发部分工资时，经济补偿金的计算基数应包含代发部分，即以劳动者离职前十二个月的平均工资（含代发部分）作为计算标准。以下是具体分析：

1. 经济补偿金的计算基数
   根据《劳动合同法》第四十七条及《劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿金的月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且该工资应按照劳动者应得工资计算，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入。代发部分工资属于劳动者应得收入的一部分，应当纳入计算基数。

2. 代发工资的合法性不影响计算基数
   即使用人单位通过他人代发工资（如关联公司、个人账户等），只要该部分工资属于劳动者应得收入，且劳动者实际领取，就应计入经济补偿金的计算基数。代发行为本身不改变工资的性质，用人单位不得以代发为由排除劳动者的合法权益。

3. 实务中的举证责任
   若用人单位主张代发部分不属于工资或不应计入经济补偿金基数，需承担举证责任，证明该部分款项的性质（如借款、报销等）或劳动者未实际领取。劳动者可通过银行流水、工资条、劳动合同等证据证明代发部分属于工资。

4. 特殊情形处理

   • 若代发部分工资未实际发放（如用人单位拖欠），劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金，计算基数仍包含代发部分。
     
   • 若代发部分工资涉及避税等违法行为，劳动者可向税务部门举报，但不影响经济补偿金的计算（法律保护劳动者合法权益，不因用人单位违法行为而减损）。

建议：若您遇到此类纠纷，可收集工资流水、工资条、劳动合同等证据，计算离职前十二个月的平均工资（含代发部分），并据此主张经济补偿金。如有疑问，可直接向我咨询具体计算方法或维权策略。