结论：当两个独立行为违反同一条款的不同项时，是否分别决定并合并执行，需依据具体法律条款、行为性质及法律后果综合判断。以下从法律原则、具体法律条款及实践应用三个角度进行详细分析。

一、法律原则角度

1. 禁止重复评价原则：在法律适用中，对于同一行为或同一法律事实，不应重复进行法律评价或处罚。然而，当两个独立行为分别违反同一条款的不同项时，由于它们涉及不同的法律评价要素，因此不构成重复评价，可以分别决定并合并执行。

2. 罪责刑相适应原则：在刑事法律中，这一原则要求刑罚的轻重应与犯罪分子所犯罪行和承担的刑事责任相适应。在民事或行政法律领域，虽不直接称为“罪责刑相适应”，但类似原则同样存在，即法律后果的严重程度应与违法行为的性质、情节及社会危害程度相适应。因此，对于两个独立且性质不同的违法行为，分别决定并合并执行是符合这一原则的。

二、具体法律条款角度

1. 《中华人民共和国行政处罚法》：该法规定，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。但这里的“同一个违法行为”指的是一个连续、不可分割的行为过程。若两个行为是独立的，且分别违反了同一条款的不同项，则不属于“同一个违法行为”，可以分别处罚并合并执行。例如，若某条款规定了“未按规定报告”和“提供虚假报告”两种违法行为，行为人既未按规定报告又提供了虚假报告，则可分别处罚并合并执行。

2. 《中华人民共和国刑法》（虽为刑事法律，但原理相通）：在刑法中，对于数罪并罚的情况，若犯罪人实施了数个独立的犯罪行为，且这些行为分别触犯了不同的罪名或同一条款的不同项，则应分别定罪量刑，然后按照数罪并罚的原则合并执行刑罚。

三、实践应用角度

1. 合并执行的方式：在合并执行时，需考虑各违法行为的性质、情节及社会危害程度，以及各法律后果之间的逻辑关系。通常，合并执行的方式包括并科（即同时执行多个刑罚或处罚）、吸收（即重罪吸收轻罪，只执行重罪的刑罚或处罚）和限制加重（即在数个刑罚或处罚的总和以下酌情决定执行的刑罚或处罚）等。在民事或行政法律领域，合并执行的方式可能更为灵活，如罚款的合并执行可能是将各罚款数额相加后执行。

2. 具体案例分析：假设某环保法规规定，企业未按规定安装污染治理设施和未按规定排放污染物均属违法行为，并分别设定了不同的罚款额度。若某企业既未安装污染治理设施又未按规定排放污染物，则环保部门可分别依据这两项规定对企业进行罚款，并将两个罚款数额相加后执行。

建议：在实际操作中，若遇到两个独立行为违反同一条款不同项的情况，建议首先仔细分析相关法律条款的具体规定，明确各违法行为的性质及法律后果；然后，根据法律原则和实践经验，判断是否应分别决定并合并执行；最后，在执行过程中注意合并执行的方式和程序，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。