针对两个以上违法行为分别处罚、合并执行的行政处罚，其法律依据主要来源于《中华人民共和国行政处罚法》及相关部门规章，具体如下：

1. 《中华人民共和国行政处罚法》的基础原则：

   • 该法第二十九条明确规定了“对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。”这一条款确立了“一事不再罚”的原则，即对于同一违法行为，不得重复处罚，但并未排除对多个不同违法行为分别处罚后合并执行的可能性。

2. 合并处罚的具体操作依据：

   • 《安全生产违法行为行政处罚办法》：第五十三条规定，生产经营单位及其有关人员有两种以上应当给予行政处罚的安全生产违法行为的，安全监管监察部门应当适用不同的法律规定，分别裁量，合并处罚。这为合并处罚提供了具体的操作指南。
   • 《公安机关办理行政案件程序规定》：第一百六十一条明确，一人有两种以上违法行为的，分别决定，合并执行，可以制作一份决定书，分别写明对每种违法行为的处理内容和合并执行的内容。这一规定直接支持了合并执行行政处罚的实践操作。

3. 合并处罚的实践应用：

   • 在实际执法中，当行政相对人存在多个违法行为时，行政机关会依据不同法律条款对每个违法行为进行认定和裁量，然后综合考虑违法行为的情节、性质、社会危害程度等因素，决定合并给予相应的处罚。例如，某企业同时存在未按规定报送年度报告和虚假出资两种违法行为，市场监管部门会分别作出处罚决定，并最终合并执行。

4. 合并处罚的注意事项：

   • 合并处罚必须基于同一行政相对人的多个不同违法行为，且这些违法行为需分别违反不同的法律规范或条款。
   • 合并处罚时，行政机关需确保每个违法行为的处罚决定都是合法、合理的，且合并执行不会导致对当事人的过度处罚或重复处罚。
   • 合并处罚的决定书应清晰列明每种违法行为的处理内容和合并执行的内容，以便当事人了解并执行。

举例说明： 假设张三在道路上驾车时，既闯红灯又未按规定系安全带，这两个是不同的违法行为。交警部门会依据《道路交通安全法》的相关规定，分别对闯红灯行为和未系安全带行为作出处罚决定，如罚款和扣分等。然后，交警部门会制作一份决定书，写明对每种违法行为的处理内容和合并执行的内容，如合并罚款金额和扣分总数等。

总结与建议： 合并处罚是行政执法中的一项重要制度，它有助于提高执法效率，确保对多个违法行为的全面、公正处理。在实际操作中，行政机关应严格遵守相关法律法规的规定，确保合并处罚的合法性和合理性。如果您或他人面临类似情况，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律指导和建议。