违章建筑相关纠纷在一定条件下可以向法院起诉，但具体受理情况取决于纠纷类型及是否已履行必要的行政程序。以下是对此问题的详细分析：

一、可以起诉的情形

1. 涉及违章建筑的权属、侵权及合同纠纷

   • 权属纠纷：当违章建筑的建造者或实际使用者因对该建筑的占有、使用等权益产生争议时，可以向法院提起诉讼。例如，若甲、乙双方均主张对某一违章建筑享有权利，可通过诉讼由法院来判定各自的权利状态。
   • 侵权纠纷：如违章建筑受到他人侵害（如被故意损坏），建造者或实际使用人有权以侵权为由向法院起诉，要求侵权人承担赔偿责任。例如，张三的违章建筑被李四破坏，张三可向法院起诉要求赔偿。
   • 合同纠纷：围绕违章建筑签订的合同（如租赁合同）引发纠纷时，当事人可向法院起诉。根据相关法律解释，未取得合法建设手续的房屋租赁合同可能无效，但一审法庭辩论终结前取得合法手续的除外。

2. 行政机关不作为或违法行政

   • 若行政机关对违章建筑应查处而未查处，或在处理过程中存在违法行为（如违反法定程序拆除），当事人可向法院提起行政诉讼，要求行政机关履行职责、确认行政行为违法并寻求赔偿。

二、起诉前的行政程序要求

1. 行政处罚决定的复议与诉讼

   • 若政府部门已对违章建筑作出处罚决定（如拆除、罚款），当事人不服的，可在接到处罚决定书之日起六十日内申请行政复议，或在六个月内直接向人民法院提起行政诉讼。

2. 违章建筑的认定与异议

   • 如需确认某建筑是否为违章建筑或对违章建筑的认定有异议，通常应先通过行政程序解决，即向城乡规划主管部门或乡镇人民政府提出申请或申诉。在行政机关无法给出满意答复后，方可考虑向法院提起诉讼。

三、法院可能不受理的情形

• 当事人仅要求对违章建筑进行拆除的单纯请求，一般不属于人民法院民事案件的受理范围。因为认定和拆除违章建筑属于行政机关的职责，应由城乡规划主管部门等相关行政机关依据法定程序处理。例如，甲发现乙的建筑是违章建筑，仅向法院起诉要求拆除，法院可能不会受理，而应向相关行政部门反映。

四、法律依据与责任主体

1. 法律依据

   • 《中华人民共和国民法典》：第二百七十二条规定，业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。第二百八十六条规定，业主大会或业主委员会有权请求行为人停止违章搭建等损害他人合法权益的行为，并可向行政主管部门报告或投诉，由行政主管部门依法处理。
   • 《中华人民共和国城乡规划法》：第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或未按许可进行建设的，由城乡规划主管部门责令停止建设、限期改正、罚款、拆除或没收实物及违法收入。

2. 可起诉主体

   • 相邻业主：若违章搭建影响通风、采光、通行等权益，相邻业主作为直接利害关系人有权起诉。
   • 业主委员会：代表全体业主利益，当违章搭建损害共同利益时，可作为原告提起诉讼。
   • 物业服务企业：如合同中有制止和管理违章搭建的义务，且影响小区管理，可依据合同和法律规定起诉。

五、起诉与投诉流程

1. 向行政部门投诉

   • 发现邻居存在违章建筑，可向当地城管或规划部门投诉举报。这些部门将进行调查，并根据情况采取拆除、罚款等措施。

2. 向法院起诉

   • 准备材料：包括起诉状（写明原被告信息、诉讼请求、事实和理由）、证据（如违章搭建的照片、视频、相关规划文件、受损权益的证明等）以及双方身份证明。
   • 立案：向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据，缴纳诉讼费用。法院审查材料，符合立案条件的予以立案。
   • 审理：法院安排开庭审理，双方当事人举证、质证、辩论。法院查明事实后作出判决。
   • 执行：若法院判决被告停止违章搭建、恢复原状等，而被告拒不履行，原告可申请强制执行。

在处理违章建筑相关纠纷时，应首先明确纠纷类型，并了解是否需要先履行行政程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。