若扣押涉案财物的关键证据丢失，需分情况采取不同措施，核心结论如下：

1. 若证据丢失发生在侦查阶段
   根据《刑事诉讼法》第56条，侦查机关有义务妥善保管涉案财物及证据。若因保管不善导致关键证据灭失，可采取以下措施：

   • 申请排除非法证据：若证据丢失直接影响定罪量刑（如物证、书证等客观证据），可依据《刑事诉讼法》第58条，向检察院或法院提出“证据合法性审查申请”，要求排除因程序违法取得的证据。
     
   • 监督立案或追责：若证据丢失系因侦查人员故意或重大过失（如私自处理、未及时封存等），可向检察院申请立案监督，或通过刑事控告追究相关人员玩忽职守罪（刑法第397条）的刑事责任。
     
   • 补救措施：若证据有复制件或可替代证据（如电子数据备份、证人证言等），可申请调取或补充侦查，但需证明替代证据与原证据的关联性。

2. 若证据丢失发生在审判阶段
   根据《刑事诉讼法解释》第90条，法院对证据的合法性、真实性负有审查义务。若关键证据丢失导致案件事实无法查清，可采取以下策略：

   • 申请延期审理或中止审理：若证据丢失导致关键事实无法认定（如物证缺失导致无法证明犯罪手段），可依据《刑事诉讼法》第204条，申请法院延期审理，要求控方补充证据或说明情况。
     
   • 主张“疑罪从无”：若证据丢失导致控方无法达到“证据确实、充分”的证明标准（刑法第53条），可依据《刑事诉讼法》第200条，主张法院应作出无罪判决。
     
   • 申请国家赔偿：若证据丢失系因司法机关违法行使职权（如超期扣押导致财物损毁），可依据《国家赔偿法》第18条，在刑事诉讼程序终结后，向赔偿义务机关（如公安局、检察院）申请国家赔偿。

3. 若证据丢失涉及民事赔偿或行政处罚

   • 民事赔偿：若证据丢失导致当事人无法主张权利（如扣押的财物本身具有经济价值），可依据《民法典》第1165条，以“过错责任原则”起诉保管方（如公安机关、仓储公司）承担赔偿责任，需证明保管方未尽到合理注意义务。
     
   • 行政处罚：若证据丢失系因行政机关违法扣押（如未出具扣押清单、超期扣押），可依据《行政处罚法》第76条，向其上级机关申请行政复议，或直接提起行政诉讼，要求确认行政行为违法并赔偿损失。

关键提醒：证据丢失的后果需结合具体案情判断，例如：

• 若丢失的证据是“直接证据”（如凶器、赃款），可能直接导致案件事实无法认定；
  
• 若丢失的证据是“间接证据”（如监控录像片段），需结合其他证据形成完整证据链，否则可能不影响定罪。
  

建议：若遇到此类情况，需第一时间固定“证据丢失”的证据（如要求保管方出具书面说明、调取监控记录等），并委托律师介入，通过法律程序最大限度维护权益。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我会结合案情提供针对性方案。