在事实不清、证据不足的案件中，对于扣押涉案财物的处理，需结合法律规定与司法实践，分情况处理如下：

1. 审查起诉阶段：解除扣押或继续查封
   根据《刑事诉讼法》第145条，若检察院审查后认为证据不足、事实不清，不符合起诉条件，应作出不起诉决定。此时，公安机关应立即解除扣押措施，返还涉案财物。若案件需补充侦查，公安机关可继续查封、扣押，但需在补充侦查期限内完善证据链，否则到期后必须解除。

2. 审判阶段：返还或没收程序
   若案件进入审判阶段，法院经审理认为证据不足、事实不清，应依据《刑事诉讼法》第200条判决无罪。此时，涉案财物应返还权利人。若财物与案件无关（如误扣押第三人财产），法院应依据《刑事诉讼法》第145条裁定立即返还。若财物系违法所得且证据充分，即使案件主罪不成立，仍可单独启动没收程序（如《刑法》第64条规定的违法所得没收）。

3. 特殊情形：先行返还与担保机制
   对易贬值、易损毁财物（如生鲜、车辆），权利人可依据《公安机关办理刑事案件程序规定》第233条申请先行返还，但需提供等值担保。若财物系生活必需品（如唯一住房），司法机关应优先保障权利人基本生活，避免过度查封。

实务建议：

• 权利人应主动向办案机关提交财物权属证明（如购买合同、付款凭证），主张返还；
  
• 若财物被非法处置（如超期扣押、私自使用），可依据《国家赔偿法》第18条申请国家赔偿；
  
• 对争议财物，可申请法院组织听证，通过质证、辩论明确权属。
  

如需进一步分析具体案情，可提供财物类型、扣押程序等细节，我将结合司法解释与判例为您详细解答。