核心结论：两人共买土地建好厂房后再分两份，需要签订一份详细、严谨的协议来明确双方的权利和义务，以下是一份协议的基本框架和关键条款建议。

协议框架与关键条款：

1. 协议双方信息：

   • 明确列出协议双方的姓名、身份证号码、联系方式等基本信息，确保协议主体的明确性。

2. 土地购买与厂房建设概况：

   • 描述土地的具体位置、面积、购买价格及支付方式。
   • 概述厂房的建设过程、投入资金、建设时间等关键信息。
   • 附上土地购买合同、厂房建设合同等相关文件的复印件作为协议附件。

3. 产权分割与分配：

   • 明确厂房分割的具体方式，如按照面积、楼层、功能区域等进行划分。
   • 确定分割后各部分的产权归属，包括土地使用权和厂房所有权。
   • 如果涉及共有部分，应明确共有部分的管理、使用和维护责任。

4. 资金投入与分担：

   • 详细列出双方在土地购买和厂房建设过程中的资金投入情况。
   • 约定未来可能产生的费用（如维修费、税费等）的分担方式。
   • 如果一方在建设过程中有额外投入，应明确补偿方式或权益调整。

5. 使用与管理：

   • 规定分割后各部分的使用权限，包括自用、出租、出售等。
   • 明确共有部分的使用规则和管理机制，如公共区域的维护、设备的使用等。
   • 约定管理费用的收取和使用方式。

6. 权益转让与继承：

   • 规定一方在未经另一方同意的情况下，不得擅自转让其产权份额。
   • 明确产权份额的继承方式，确保在一方去世后，其产权份额能够按照法定或约定方式处理。

7. 违约责任与争议解决：

   • 约定如果一方违反协议约定，应承担的违约责任和赔偿方式。
   • 明确争议解决的方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

8. 其他条款：

   • 根据实际情况，可以添加其他必要的条款，如保密条款、通知条款等。
   • 确保协议内容完整、无遗漏，并符合相关法律法规的规定。

示例条款（以产权分割与分配为例）：

“第三条 产权分割与分配

1. 厂房按照以下方式进行分割：甲方拥有厂房一层及二层西侧部分，乙方拥有厂房二层东侧部分及三层全部。
2. 分割后，甲方对厂房一层及二层西侧部分享有独立的所有权和使用权；乙方对厂房二层东侧部分及三层全部享有独立的所有权和使用权。
3. 厂房的共有部分，包括但不限于楼梯、电梯、消防设施等，由甲乙双方共同所有、共同管理、共同使用。共有部分的管理、使用和维护责任由甲乙双方按照产权份额分担。”

在签订协议时，建议双方充分沟通、协商，确保协议内容真实、合法、有效。如果可能的话，可以请专业律师对协议进行审查，以确保协议的严谨性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。