两人共买土地建厂房后分家，协议应重点围绕土地及厂房的权属划分、补偿安排、后续责任承担等核心条款进行撰写，以确保双方权益清晰、避免纠纷。以下是具体协议撰写要点及示例条款：

一、协议核心条款

1. 双方基本信息
   需明确甲乙双方姓名、身份证号、联系方式等，确保主体身份清晰。

2. 土地及厂房基本情况

   • 土地位置、面积、权属证书编号（如《国有土地使用证》）；
     
   • 厂房建设情况（如建筑面积、结构、建成时间）；
     
   • 共有方式（按份共有或共同共有）及初始出资比例（如有）。

3. 权属划分方案

   • 土地分割：若土地可分割，需明确分割方式（如按面积、位置划分），并办理权属变更登记；
     
   • 厂房分割：若厂房可物理分割，需明确分割范围及权属；若不可分割，需约定一方取得所有权，另一方获得补偿（如折价款、其他资产置换）；
     
   • 共有保留：若双方同意继续共有部分资产，需明确共有比例及管理方式。

4. 补偿安排

   • 若一方取得全部或部分资产，需向另一方支付补偿款，需明确金额、支付方式（一次性/分期）、支付时间及违约责任；
     
   • 若涉及贷款或债务，需明确由哪方承担后续还款责任。

5. 后续责任承担

   • 明确分割后土地、厂房的税费、维修、保险等费用由哪方承担；
     
   • 若厂房存在租赁、抵押等法律关系，需约定如何处理后续权利义务。

6. 违约责任
   约定一方未履行协议（如未支付补偿款、未配合过户）的违约责任，包括违约金、赔偿范围等。

7. 争议解决方式
   明确争议解决途径（如协商、诉讼或仲裁），并约定管辖法院或仲裁机构。

二、协议示例条款（节选）

第一条 土地及厂房基本情况
1.1 土地位于XX市XX区XX路XX号，面积XX平方米，权属证书编号为XX；
1.2 厂房建筑面积XX平方米，结构为XX，建成于XX年XX月；
1.3 双方初始出资比例为甲方XX%、乙方XX%。

第二条 权属划分
2.1 土地按以下方式分割：甲方取得东侧XX平方米，乙方取得西侧XX平方米；
2.2 厂房不可分割，由甲方取得所有权，甲方需向乙方支付补偿款人民币XX万元；
2.3 双方应于本协议签订后XX日内配合办理土地权属变更登记。

第三条 补偿款支付
3.1 甲方应于XX年XX月XX日前向乙方支付补偿款XX万元；
3.2 若甲方逾期支付，每逾期一日按未付金额的XX%支付违约金。

第四条 后续责任
4.1 分割后土地的税费由各自承担；
4.2 厂房的维修费用由甲方承担，保险费用由甲方购买并支付。

第五条 违约责任
5.1 若一方未履行本协议义务，需向对方支付违约金XX万元，并赔偿实际损失；
5.2 若因一方原因导致协议无法履行，另一方有权解除协议并要求赔偿。

第六条 争议解决
6.1 双方应友好协商解决争议；协商不成，提交XX仲裁委员会仲裁；
6.2 仲裁裁决为终局裁决，对双方均有约束力。

三、注意事项

1. 合法性审查：协议内容需符合《民法典》《土地管理法》等法律法规，避免无效条款（如擅自改变土地用途）；
   
2. 公证或见证：建议对协议进行公证或邀请第三方见证，增强证据效力；
   
3. 权属变更登记：分割后需及时办理土地、厂房的权属变更登记，避免权属纠纷；
   
4. 税务合规：资产分割可能涉及增值税、契税等，需提前咨询税务机关并合规处理。

若需进一步细化条款或针对具体场景调整协议内容，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供专业建议。