邻里纠纷协议由女儿代签而妈妈不知情，该协议的效力需分情况讨论：

1. 若女儿具备代理权限：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。若妈妈事先授权女儿代为签署邻里纠纷协议，或事后对该代理行为进行了追认，则该协议对妈妈具有法律约束力。
   • 法律建议：在此情况下，协议有效，妈妈需按照协议内容履行相应义务。若妈妈对协议内容有异议，应首先与对方协商解决，协商不成可寻求法律途径解决。

2. 若女儿不具备代理权限：

   • 法律背景：同样依据《中华人民共和国民法典》，若女儿未经妈妈授权或超越代理权限签署协议，且妈妈事后未对该行为进行追认，则该协议对妈妈不发生法律效力。此时，该协议属于效力待定的合同，除非妈妈事后明确表示同意或追认，否则合同自始无效。
   • 法律建议：
     • 妈妈不知情且未追认：妈妈可以拒绝履行协议内容，并有权要求对方返还因协议而取得的财产或利益。若对方因此遭受损失，且妈妈无过错，则妈妈无需承担赔偿责任。
     • 妈妈事后发现并追认：若妈妈在事后得知协议内容并明确表示同意或追认，则协议对妈妈产生法律效力，妈妈需按照协议内容履行义务。
     • 对方存在欺诈、胁迫等情形：若女儿在签署协议时受到对方的欺诈、胁迫等不正当手段影响，导致妈妈利益受损，妈妈有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议，并要求对方承担相应的法律责任。

3. 特殊情况考虑：

   • 表见代理：若女儿虽无代理权，但以妈妈的名义与对方签署协议，且对方有理由相信女儿有代理权（如妈妈曾授权女儿处理类似事务、女儿持有妈妈的授权文件等），则可能构成表见代理。在此情况下，协议对妈妈具有法律约束力，妈妈需承担协议约定的义务。但妈妈在承担责任后，有权向女儿追偿因代理行为而遭受的损失。
   • 协议内容违法或违背公序良俗：无论女儿是否具备代理权限，若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，则该协议自始无效。妈妈无需履行协议内容，且有权要求对方承担因协议无效而造成的损失。

总结与建议：邻里纠纷协议由女儿代签而妈妈不知情时，协议的效力取决于女儿是否具备代理权限以及妈妈是否事后追认。为避免类似纠纷的发生，建议妈妈在处理涉及自身权益的事务时，尽量亲自签署相关文件或明确授权他人代为签署，并在授权时明确代理权限和期限。若发生纠纷，应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，并寻求法律途径解决。