结论是：劳动仲裁的被申请人通常应当是公司等用人单位，但在特定情况下，如果符合法律规定的主体资格条件，即使对方形式上不是传统意义上的“公司”，也可能可以申请劳动仲裁。以下从不同角度进行分析：
一、常规情况：被申请人应为用人单位（公司）
在大多数劳动纠纷中，劳动仲裁的被申请人是用人单位，即与劳动者建立劳动关系的公司、企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织。这是基于《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，该法明确规定了劳动争议仲裁的适用范围，包括因确认劳动关系发生的争议，以及因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议，这些争议通常都涉及用人单位与劳动者之间的关系。
二、特殊情况：非公司主体也可能成为被申请人
个体工商户：如果劳动者是与个体工商户建立劳动关系，那么在发生劳动纠纷时，个体工商户的经营者或业主就可以作为劳动仲裁的被申请人。因为个体工商户虽然不是公司，但同样具有用工主体资格，需要承担相应的法律责任。
分支机构：一些公司可能设有分支机构，如分公司、办事处等。如果劳动者是与这些分支机构建立劳动关系，且分支机构具有独立的用工主体资格（如领取了营业执照），那么在发生劳动纠纷时，分支机构也可以作为劳动仲裁的被申请人。如果分支机构不具有独立的用工主体资格，那么可能需要将其所属的公司作为被申请人。
其他组织：除了公司和个体工商户外，还有一些其他组织也可能具有用工主体资格，如民办非企业单位、社会团体等。如果劳动者是与这些组织建立劳动关系，那么在发生劳动纠纷时，这些组织也可以作为劳动仲裁的被申请人。
三、注意事项
主体资格审查：在申请劳动仲裁前，劳动者需要仔细审查对方的主体资格，确保对方是具有用工主体资格的用人单位或其他组织。如果对方不具有用工主体资格，那么劳动仲裁机构可能不会受理申请。
证据收集：无论对方是否是公司，劳动者在申请劳动仲裁时都需要提供充分的证据来证明自己的主张。这包括劳动合同、工资单、工作证、考勤记录等能够证明劳动关系存在的证据。
法律程序：劳动者在申请劳动仲裁时需要遵循一定的法律程序，如填写仲裁申请书、提交相关证据材料、参加仲裁庭审等。如果劳动者不熟悉这些程序，可以寻求专业律师的帮助。
建议：如果你在劳动仲裁中遇到对方不是公司的情况，不要慌张。首先审查对方的主体资格，确认其是否具有用工主体资格；然后收集充分的证据来证明自己的主张；最后按照法律程序申请劳动仲裁。如果你在这个过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。