结论：在法院委托的鉴定结论不被采纳的情况下，是否可以起诉鉴定机构返还鉴定费，需根据具体情况分析，一般不能直接起诉要求返还，但存在特定情形时可能有机会主张返还或赔偿。以下从不同角度详细分析：

一、鉴定结论不被采纳的常见原因及鉴定费处理原则

1. 鉴定结论本身存在瑕疵：

   • 若鉴定结论因程序违法（如鉴定人无资质、鉴定过程违反技术规范等）或实体错误（如鉴定方法不科学、结论明显不合理等）被法院排除，此时鉴定机构可能存在过错。
   • 处理原则：根据《民法典》第1165条（过错责任原则），若鉴定机构因过错导致鉴定结论不被采纳，委托方（通常为当事人）可要求其承担违约责任或侵权责任，但需通过另行起诉或反诉等方式主张，而非直接在原诉讼中要求返还鉴定费。

2. 鉴定结论与案件事实关联性不足：

   • 若鉴定结论虽程序合法、实体正确，但与案件争议焦点无关或证明力不足，法院可能不予采信。
   • 处理原则：此时鉴定机构无过错，鉴定费通常由委托方自行承担，因鉴定是当事人为证明自身主张而主动选择的行为。

3. 法院未采纳鉴定结论的其他原因：

   • 如当事人未在举证期限内提交鉴定结论、鉴定结论超出法院委托范围等。
   • 处理原则：鉴定费一般由当事人自行承担，除非能证明鉴定机构存在过错（如超范围鉴定）。

二、起诉鉴定机构返还鉴定费的可行性及条件

1. 以合同纠纷为由起诉：

   • 当事人与鉴定机构之间存在委托鉴定合同关系，若鉴定机构未按约定履行义务（如出具错误结论），构成违约。
   • 条件：需证明鉴定机构存在违约行为（如程序违法、实体错误），且该行为与鉴定结论不被采纳之间存在因果关系。
   • 法律依据：《民法典》第577条（违约责任）、第929条（委托合同责任）。

2. 以侵权纠纷为由起诉：

   • 若鉴定机构因过错侵害当事人权益（如因错误结论导致当事人败诉并承担额外费用），可主张侵权赔偿。
   • 条件：需证明鉴定机构存在过错、损害后果（如额外费用支出）、过错与损害之间的因果关系。
   • 法律依据：《民法典》第1165条（过错责任原则）。

3. 实务难点：

   • 过错证明：当事人需提供充分证据证明鉴定机构存在过错（如专家意见、行业规范等），实践中难度较大。
   • 因果关系：需证明鉴定结论不被采纳与鉴定机构过错之间存在直接因果关系，而非其他因素（如证据不足、法律适用错误等）。
   • 诉讼成本：起诉鉴定机构需另行支付诉讼费、律师费等，可能超过鉴定费本身，需权衡经济成本。

三、实务建议

1. 及时沟通：

   • 若鉴定结论存在问题，第一时间与鉴定机构沟通，要求其出具补充说明或修正结论，避免直接被法院排除。

2. 申请重新鉴定：

   • 根据《民事诉讼法》第82条，当事人可申请法院委托其他鉴定机构重新鉴定，若新结论被采纳，原鉴定费可能由原鉴定机构承担（需法院认定）。

3. 保留证据：

   • 保存鉴定合同、缴费凭证、鉴定结论、法院不予采纳的裁定或判决等证据，以备后续主张权利。

4. 咨询专业律师：

   • 鉴定纠纷涉及专业技术和法律问题，建议委托律师分析鉴定结论的瑕疵、过错程度及因果关系，制定最优维权策略。

总结：鉴定结论不被采纳时，能否起诉鉴定机构返还鉴定费需结合具体原因、鉴定机构过错及因果关系综合判断。若鉴定机构存在过错且该过错导致鉴定结论不被采纳，当事人可通过合同纠纷或侵权纠纷主张权利，但需充分准备证据并权衡诉讼成本。如有进一步疑问，可直接向我咨询。