付款申请书一般不建议盖部门章，在符合特定条件且经公司明确授权的情况下可以盖部门章。具体分析如下：

1. 从印章效力角度：

   • 公司公章具有最高的法律效力，代表公司的正式意志，在对外经济活动中，使用公章签署的文件通常被视为公司行为，具有广泛的认可度和法律效力。
   • 部门章主要是公司内部各部门用于处理内部事务的印章，其效力通常局限于公司内部，对外一般不具有独立的法律效力。付款申请书往往涉及公司对外支付款项的重大经济事项，使用部门章可能无法充分体现公司的整体意志和权威性，在对方接收时可能会对文件的真实性和有效性产生质疑。

2. 从公司规定角度：

   • 许多公司都有明确的印章管理制度，规定了不同类型印章的使用范围和审批程序。如果公司制度明确规定付款申请书必须加盖公司公章或财务专用章，那么使用部门章就违反了公司规定，可能会导致相关申请被驳回或引发内部管理问题。
   • 当然，如果公司制度允许在特定情况下使用部门章，并且已经按照规定履行了相应的审批程序，那么在这种情况下使用部门章是可行的。例如，某些公司对于小额、常规的付款申请，经过特定层级审批后，允许使用部门章。

3. 从风险防范角度：

   • 使用部门章签署付款申请书可能存在一定的法律风险。如果部门章被滥用或出现管理漏洞，可能会导致公司资金安全受到威胁，例如出现虚假付款申请、未经授权的付款等情况。
   • 而使用公司公章或财务专用章，由于这些印章的管理通常更加严格，有明确的用印审批流程和记录，可以在一定程度上降低上述风险，保障公司的合法权益。

建议：在签署付款申请书时，应优先选择使用公司公章或财务专用章。如果确实需要使用部门章，务必确保符合公司制度规定，并经过必要的审批程序，以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。