结论：事业单位员工在2003年被判缓刑，2012年办理退休是否合法，需结合具体情况判断，但一般情况下，只要满足退休条件且未因缓刑被开除公职，退休行为是合法的。以下从多个角度进行分析：

一、缓刑对公职的影响

1. 缓刑的基本性质：

   • 缓刑是对原判刑罚附条件不执行的一种刑罚制度。在缓刑考验期内，如果没有违反相关规定，原判刑罚就不再执行。

2. 缓刑对公职人员的影响：

   • 根据《事业单位工作人员处分暂行规定》等相关规定，事业单位工作人员被依法判处刑罚的，给予降低岗位等级或者撤职以上处分。其中，被依法判处有期徒刑以上刑罚的，给予开除处分。但缓刑并不等同于实际执行有期徒刑，因此，在缓刑考验期内未被开除公职的，缓刑考验期满后，原判刑罚不再执行，且不影响其后续的退休手续办理。

二、退休条件

1. 法定退休年龄：

   • 事业单位员工的退休年龄通常按照国家规定执行，如男性60周岁，女性55周岁（具体可能因岗位、职称等因素有所不同）。

2. 缴费年限：

   • 除了达到法定退休年龄外，还需要满足一定的缴费年限要求，如养老保险缴费满15年等。

3. 其他条件：

   • 可能还包括身体健康状况、是否仍在岗工作等。

三、缓刑员工退休的合法性分析

1. 未被开除公职的情况：

   • 如果该员工在缓刑考验期内未被开除公职，且满足退休条件，那么其在2012年办理退休是合法的。因为缓刑考验期满后，原判刑罚不再执行，且不影响其作为事业单位员工的身份和权益。

2. 已被开除公职的情况：

   • 如果该员工在缓刑考验期内被开除公职，那么其就不再具备事业单位员工的身份，也就无法按照事业单位员工的标准办理退休。但这种情况与用户描述不符，因为用户提到的是“已办理了退休”。

四、特殊情况考虑

• 政策变化：

  • 需要注意的是，不同地区、不同时间段的政策可能有所不同。因此，在判断该员工退休是否合法时，还需要考虑当时的政策规定。

• 单位内部规定：

  • 除了国家法律法规外，事业单位内部也可能有关于员工退休的具体规定。如果单位内部规定与国家法律法规相冲突，应以国家法律法规为准。

五、建议

• 核实退休手续：

  • 如果该员工或相关人士对退休的合法性有疑问，可以核实其退休手续是否齐全、是否符合当时的规定。

• 咨询相关部门：

  • 如有需要，可以向当地的人力资源和社会保障部门或事业单位主管部门咨询相关政策规定和具体操作流程。

总结：事业单位员工在2003年被判缓刑，2012年办理退休是否合法，主要取决于其是否在缓刑考验期内被开除公职以及是否满足退休条件。在一般情况下，只要满足退休条件且未因缓刑被开除公职，退休行为就是合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。