采矿用地协议出让的依据主要来源于自然资源部关于矿业权出让的相关规定。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，采矿用地的出让，特别是通过协议方式出让，是受到严格监管的，以确保矿产资源国家所有者权益得到维护，同时保证矿业权出让交易的公平、公正。

一、协议出让的适用情形

根据自然资源部的相关规定，协议出让矿业权（包括采矿权）通常适用于特定情形。虽然直接的规定可能并未明确提及“协议出让”的所有细节，但可以从矿业权出让的整体框架中理解其适用性。一般来说，当矿业权出让不采用招标、拍卖或挂牌等竞争性方式时，可能会考虑协议出让。然而，具体是否采用协议出让，还需根据矿产资源的种类、储量、开采条件以及国家政策等多方面因素综合判断。

二、协议出让的底价确定

在协议出让采矿权时，确定出让底价是一个关键环节。根据自然资源部的通知，矿业权出让底价应遵循市场规律，接近矿业权在公开、公平、充分竞争的市场条件下的公允价值。这一底价由出让人（通常是自然资源主管部门）确定，并且不得低于矿业权出让的起始价。

在确定底价时，出让人可以委托矿业权评估机构进行评估，评估结果作为底价确定的重要参考。此外，出让人还可以采取询价、类比等方式来确定底价。这些方法旨在确保底价的合理性和公正性，从而保护国家矿产资源权益和矿业权人的合法权益。

三、协议出让的监管与保密

自然资源部对矿业权出让（包括协议出让）实施严格的监管。在竞争性出让时，如果矿业权未成交并需要再次出让，出让人可以对矿业权出让底价进行上浮或下调。然而，在出让交易活动结束前，矿业权出让底价必须保密且不得变更，以确保交易的公平性和公正性。

四、相关政策依据

具体来说，关于采矿用地协议出让的依据，可以参考自然资源部发布的《自然资源部关于印发矿业权出让交易规则的通知》（自然资规〔2023〕1号）以及《自然资源部办公厅关于矿业权出让底价有关事项的通知》（自然资办函〔2025〕2809号）等文件。这些文件详细规定了矿业权出让的交易规则、底价确定方法以及监管要求等，为采矿用地协议出让提供了明确的政策依据。

综上所述，采矿用地协议出让的依据主要来源于自然资源部关于矿业权出让的相关规定和政策文件。在实际操作中，应严格遵守这些规定和政策要求，确保采矿用地协议出让的合法性和合规性。