结论前置：公司合同中要求离职扣除年薪20%的条款，一般情况下是不合法的，但具体还需根据合同内容、离职原因及是否存在特定情形来判断。
一、一般情况下的不合法性
根据我国《劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者依法享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。在劳动者辞职时，用人单位应在解除劳动合同时一次性付清劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。因此，除非合同中有特别约定且该约定合法合规，否则公司单方面要求离职扣除年薪20%是不合法的。
二、特定情形下的合法性探讨
尽管一般情况下不得扣减工资，但在以下特定情形下，用人单位扣除工资可能是合法的：
经济损失赔偿：
- 如果劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
- 赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：若员工因疏忽导致公司财产损失，且合同中有明确约定赔偿方式，那么公司可能根据约定扣除部分工资作为赔偿，但扣除比例和金额需符合上述限制。
代扣代缴费用：
- 用人单位有权代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、个人所得税等法律规定的费用。
- 举例：公司每月从员工工资中扣除社保和个人所得税，这是合法的代扣代缴行为。
特殊约定：
- 如果双方在劳动合同中有特殊约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时遵循公平合理原则，那么可以按照约定执行。
- 但需注意：此类特殊约定需确保不损害劳动者的合法权益，且公司需承担举证责任，证明该约定的合法性和合理性。
- 举例：若合同中约定，员工在未满服务期的情况下离职，需支付一定比例的违约金或赔偿金，且该比例和金额符合法律法规的规定，那么这种约定可能是合法的。然而，年薪的20%作为扣除比例，很可能因过高而被认定为不合法。
三、维权途径与建议
如果公司无正当理由扣除了劳动者的工资，劳动者可以采取以下措施来维护自身权益：
协商解决：
- 首先尝试与公司进行协商，要求其说明扣工资的原因，并足额支付被扣减的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。
- 劳动监察部门会责令公司限期支付克扣的工资，并可能要求公司按应付金额的一定比例向劳动者加付赔偿金。
申请仲裁与诉讼：
- 劳动者还可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资及经济补偿。
- 在申请仲裁时，需提供充分的证据如劳动合同、工资条等。
- 如果仲裁裁决书生效后公司仍不履行义务，劳动者可以向法院申请强制执行。
最后建议：如果你遇到了公司合同中要求离职扣除年薪20%的情况，首先仔细审查合同内容，了解该条款的具体约定和背景。如果认为该条款不合法或不合理，可以与公司进行协商，或者寻求法律援助来维护自己的权益。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。