结论：工资3500提前离职走了扣两千工资，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，这种扣款行为是不合法的。

分析说明：

1. 劳动合同与法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中应当明确约定劳动报酬、工作时间、休息休假等条款。
   • 除非劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资。

2. 扣款合法性判断：

   • 无合法依据的扣款：如果劳动合同中没有约定提前离职需要扣除工资，或者约定的扣款条款违反了法律法规的强制性规定（如扣款比例过高、扣款原因不合理等），那么用人单位扣除两千工资的行为就是不合法的。
   • 有合法依据的扣款：如果劳动合同中明确约定了提前离职需要扣除一定比例的工资作为违约金或赔偿金，且该约定符合法律法规的规定（如扣款比例合理、扣款原因合法等），那么用人单位扣除工资的行为可能是合法的。但即便如此，扣除的金额也不应超过法定限额或劳动合同约定的合理范围。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、违约金、赔偿金等条款，确保自己的权益不受侵害。
   • 如果用人单位存在违法扣款行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于劳动者：如果你认为用人单位的扣款行为不合法，可以先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在投诉或申请仲裁时，应提供相关证据（如劳动合同、工资条、扣款通知等）以支持自己的主张。
• 对于用人单位：应严格遵守法律法规和劳动合同的约定，不得随意扣除劳动者的工资。如果确实需要扣除工资作为违约金或赔偿金，应在劳动合同中明确约定，并确保扣款比例合理、扣款原因合法。

可能后果：

• 如果用人单位的扣款行为被认定为不合法，可能需要向劳动者支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
• 如果劳动者的投诉或仲裁申请得到支持，用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚或法律诉讼的风险。