结论：与政府签订搬迁协议三年且已入住安置房一年的情况，通常可以视为既定事实，但具体还需结合协议内容、履行情况及相关法律规定来综合判断。
分析说明：
从协议签订与履行的角度看：
- 既然已经与政府签订了搬迁协议，并且该协议已经履行了三年，同时您也已经入住安置房一年，这表明双方已经按照协议内容进行了实际的履行。在这种情况下，该搬迁协议及其履行情况构成了既定的事实基础。
从法律效力的角度看：
- 搬迁协议一旦签订，即具有法律效力，对双方均产生约束力。除非存在法定或约定的解除事由，否则双方均应继续履行协议。您已经按照协议入住安置房，这是协议履行的重要体现，也进一步巩固了既定事实的地位。
从可能存在的争议点看：
- 尽管上述情况通常可以视为既定事实，但仍需注意协议中可能存在的特殊条款或约定。例如，协议中可能规定了某些条件或期限，在特定情况下可能影响既定事实的认定。此外，如果政府或您在履行协议过程中存在违约行为，也可能引发争议，影响既定事实的稳定性。
法律建议：
- 保留相关证据：为了确保既定事实的稳固性，建议您保留好与搬迁协议相关的所有证据，包括协议文本、履行过程中的相关凭证（如入住证明、付款记录等）。
- 关注协议履行情况：继续关注协议的履行情况，确保双方均按照协议约定履行义务。如果发现任何违约行为或潜在争议点，应及时与对方沟通并寻求解决方案。
- 咨询专业律师：如果您对既定事实的认定存在疑虑或担忧，或者遇到任何与搬迁协议相关的法律问题，建议及时咨询专业律师。我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
后续行动指导：
- 如果您需要进一步确认既定事实的法律效力或解决相关争议，可以准备相关证据材料，并向我详细描述具体情况，以便我为您提供更具体的法律指导。
- 在与政府或相关方沟通时，保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，寻求合理合法的解决方案。