结论：公司基本户账户因被起诉冻结后，使用员工账户收款再转入一般户的行为，可能涉及违法，具体取决于行为的性质、目的以及是否违反相关法律法规。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
资金转移的合法性：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关财务规定，公司的资金应当通过其合法设立的银行账户进行流转。使用员工个人账户进行公司资金的收付，可能违反了公司资金管理的规定，构成资金转移的不当行为。
- 若该行为被认定为逃避债务、隐匿财产或进行其他非法活动，则可能触犯《中华人民共和国刑法》中的相关条款，如妨害清算罪、隐匿、故意销毁会计凭证、会计账簿、财务会计报告罪等。
税务合规性：
- 使用员工账户收款可能导致公司税务申报的不准确，因为资金流转未通过公司正式账户进行，可能难以准确反映公司的真实财务状况和经营成果。
- 若因此导致公司少缴、漏缴税款，公司可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金以及罚款等。
二、实际操作角度
账户管理的混乱：
- 使用员工账户进行公司资金收付，会导致公司账户管理的混乱，增加财务管理的难度和风险。
- 长期以往，可能影响公司的信誉和形象，对公司的正常经营和融资活动产生不利影响。
员工个人风险：
- 员工个人账户被用于公司资金收付，可能使员工面临不必要的法律风险和经济损失。
- 若公司资金出现问题，如被冻结、查封或涉及法律纠纷，员工个人账户可能受到牵连，影响员工的个人信用和财产安全。
三、建议与措施
合法合规处理资金：
- 公司应尽快与起诉方协商解决纠纷，争取解冻基本户账户。
- 在账户解冻前，公司应寻求合法合规的资金处理方式，如通过其他合法账户进行资金收付或申请临时账户等。
加强内部管理：
- 公司应加强内部财务管理，规范资金流转程序，确保公司资金的安全和合规使用。
- 定期对员工进行财务和法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性而保留，实际回答中可侧重于“向我咨询”）：
- 鉴于该问题的复杂性和法律风险，建议公司及时向我咨询，以便根据具体情况制定合适的法律策略和应对措施。
总结：公司基本户账户因被起诉冻结后，使用员工账户收款再转入一般户的行为存在法律风险和实际操作问题。公司应尽快寻求合法合规的解决方案，并加强内部管理以防范类似风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。