“母公司中标全资子公司施工”的合法性并非绝对，而是需要依据具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合法情形
招标文件或合同允许：
- 如果招标文件或母公司与招标方签订的合同中明确允许中标人将部分工程交由其下属子公司施工，那么子公司进行施工是符合约定的，此情况下通常是合法的。
构成内部承包或视为同一主体实施：
- 若母公司中标后，虽由子公司具体施工，但母公司承担整体项目的管理责任，包括技术指导、质量控制、安全管理等，且子公司的人员、财务受母公司统一管理，这种情况可能构成内部承包关系，法律上一般认可。
- 在某些特殊情况下，如果母公司与子公司之间存在紧密的管理和业务关联，如财务、管理、人员等方面的高度混同，或者子公司是母公司为特定项目而设立的，那么子公司的施工行为可被视为母公司组织实施项目的具体方式。这种情况下，母公司需向招标人、监管部门等清晰说明并证明其对项目整体负责。
二、违法情形
转包行为：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第二十八条及《建设工程质量管理条例》第七十八条的规定，承包单位不得将其承包的全部建筑工程转包给他人。若母公司在中标后不履行合同约定责任和义务，直接让子公司施工，且子公司并非作为分包单位参与，这种行为通常会被认定为转包，属于违法行为。
- 转包行为容易导致工程质量难以保障，损害招标人及其他相关方的利益，因此受到法律的严格禁止。
资质不符：
- 如果子公司不具备承担中标项目或其中部分工作的相应资质，母公司安排其施工则违反了关于建筑施工企业资质管理的规定。不同资质等级的企业能够承接的工程范围是有明确界定的，使用无资质或资质不符的企业施工，可能带来工程质量安全隐患，因此也是违法的。
违反招标文件或合同禁止性规定：
- 若招标文件或合同中明确禁止中标人将项目转包或分包给关联公司，则母公司让子公司施工违反规定，构成不合法行为。
三、法律后果与建议
- 法律后果：若母公司中标后让子公司施工的行为被认定为违法，可能面临中标无效、罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等行政处罚。同时，若因施工问题导致工程质量事故或其他损失，母公司和子公司还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。
- 建议：在实际操作中，建议母公司在中标后如需让子公司参与施工，应首先仔细审查招标文件和合同条款，确保符合相关规定。若招标文件或合同允许，应签订合法的分包合同或内部合作协议，明确双方的权利和义务。同时，母公司应加强对子公司的管理和监督，确保施工质量和安全。
总结来说，“母公司中标全资子公司施工”的合法性取决于多种因素的综合考量。为确保合法合规性，建议母公司在操作前咨询专业法律意见，并严格按照相关法律法规和招标文件的要求进行操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。