子公司中标母公司项目是否合法，需根据具体情况综合判断，并非绝对合法或非法。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律基础与独立法人地位
- 子公司独立法人资格：根据《公司法》的相关规定，子公司具有独立的法人资格，依法独立承担民事责任。这意味着子公司有权以自己的名义参与民事活动，包括投标。
二、招投标中的利害关系与限制
- 利害关系限制：根据《招标投标法实施条例》第三十四条，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或个人不得参加投标。子公司与母公司间的控股或管理关系，通常被视为具有利害关系，可能因此受到投标限制。
- 例外情况：然而，这一限制并非绝对。如果子公司能证明其参与投标不会影响招标的公正性，或者招投标过程严格遵循了法定程序，且没有利用与母公司的特殊关系获取不公平优势，那么子公司中标母公司项目在法律上可能是有效的。
三、投标有效性的考量因素
招标文件规定：
- 招标文件是招投标活动的法律依据，其中可能明确规定了投标人的资格条件、投标程序等。如果招标文件未明确禁止子公司投标，且子公司满足所有资格条件，那么其投标在形式上是有效的。
公平竞争原则：
- 招投标活动应遵循公平、公正、公开的原则。子公司不得利用与母公司的特殊关系，如获取内部信息、享受特殊待遇等，来获取不公平优势。否则，将违反招投标法的公平原则，其投标可能被判定无效。
关联交易与信息披露：
- 如果子公司中标母公司项目后构成关联交易，那么需要遵循信息披露和程序合规性要求。例如，关联交易需经过公司股东会或董事会审议批准，并及时向投资者披露相关信息，以确保交易的透明度和公正性。
四、特殊情况下的合法处理方式
经招标人同意：
- 在某些特殊情况下，如因客观原因导致母公司无法直接履行合同，且经过招标人的书面同意并办理了相关变更手续，可以由子公司代为履行。但需谨慎审查，确保不违反法律法规的强制性规定，不损害其他投标人的合法权益。
构成联合体投标：
- 如果母公司和子公司在投标时组成了联合体，并在投标文件中明确约定了各方的权利和义务，且中标后按照联合体协议由子公司签约，这种情况是合法的。但需满足《招标投标法》及相关法规对联合体的具体要求。
五、法律后果与风险提示
法律后果：
- 如果子公司中标母公司项目违反了相关法律法规或招投标文件的规定，可能面临投标无效、中标被撤销、承担赔偿责任等法律后果。同时，相关责任人员也可能受到行政处罚或刑事追究。
风险提示：
- 在参与招投标活动时，子公司应严格遵守相关法律法规和招投标文件的规定，确保投标的合法性和有效性。同时，母公司也应加强对子公司的管理和监督，避免子公司利用与母公司的特殊关系获取不公平优势。
总结与建议：子公司中标母公司项目是否合法，需根据具体情况综合判断。在参与招投标活动时，建议子公司和母公司都严格遵守相关法律法规和招投标文件的规定，确保投标的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。