中标单位为甲方独立法人全资子公司，在一般情况下是合法的，但具体是否合法还需结合招标项目的性质、招标方式以及相关法律法规的规定来判断。以下是从不同角度的分析：
从公司法角度：
- 独立法人全资子公司是具有独立法人资格的企业，它拥有自己的财产、名称、组织机构和经营场所，能够独立承担民事责任。因此，从公司法角度来看，全资子公司作为独立的法律实体，有权参与招标活动，并有可能成为中标单位。
从招标投标法角度：
- 招标投标法并未明确禁止全资子公司参与其母公司或关联公司的招标项目。然而，关键在于招标过程是否遵循了公平、公正、公开的原则，以及是否存在利益输送、不正当竞争等违法行为。
- 如果招标项目涉及公共利益或公共安全，或者属于必须进行招标的项目范围，那么招标过程必须严格遵守招标投标法的相关规定，确保所有潜在投标人都能在平等的基础上参与竞争。
从反不正当竞争法角度：
- 反不正当竞争法旨在维护市场竞争秩序，防止不正当竞争行为。如果全资子公司通过不正当手段（如串通投标、行贿等）成为中标单位，那么这种行为将构成不正当竞争，是违法的。
从实际操作角度：
- 在实际操作中，为了避免利益冲突和确保招标过程的公正性，一些招标人可能会在招标文件中明确规定禁止全资子公司参与其母公司的招标项目。然而，这种规定并非法律强制性要求，而是招标人根据自身情况作出的选择。
法律建议：
- 对于招标人而言，如果希望避免全资子公司参与其招标项目，可以在招标文件中明确作出规定，并确保所有潜在投标人都能充分了解这一要求。
- 对于全资子公司而言，如果希望参与招标活动，应当确保招标过程符合相关法律法规的规定，避免任何不正当竞争行为。
- 如果在招标过程中发现任何违法行为或利益冲突，应当及时向相关部门举报或寻求法律援助。
总之，中标单位为甲方独立法人全资子公司是否合法，取决于招标项目的性质、招标方式以及相关法律法规的规定。在参与招标活动时，各方都应当严格遵守法律法规，确保招标过程的公正性和透明度。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。