员工申请离职后，在符合法律规定的情况下，仍然有权对公司提起法律诉讼来维护自己的合法权益。这主要涉及到以下几个方面的纠纷：
劳动报酬相关纠纷：
- 未支付足额工资：如果公司在员工离职时未按照劳动合同或国家规定及时足额支付工资，如无故克扣、拖欠加班费等，员工有权要求公司支付应得的工资，并可以通过法律途径进行维权。
- 未支付经济补偿金：在特定情形下，如用人单位提出并协商一致解除劳动合同，或因用人单位过错导致劳动者解除合同，用人单位应支付经济补偿金。如果公司未支付，员工同样有权要求支付。
社会保险与福利待遇纠纷：
- 未缴纳社会保险：用人单位有义务为劳动者缴纳社会保险，若未依法缴纳，员工在离职后仍可要求公司补缴，并可能主张因此产生的经济补偿。
- 福利待遇未兑现：如果劳动合同或规章制度中承诺的福利待遇在员工离职时未兑现，如带薪年假、年终奖等，员工也有权通过法律途径要求公司兑现。
劳动合同与劳动权益相关纠纷：
- 违法解除劳动合同：如果公司违反法律规定解除劳动合同，如擅自辞退无过错的劳动者，员工有权要求公司支付赔偿金。
- 未签订劳动合同或签订无效劳动合同：如果用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未签订书面劳动合同，或签订的劳动合同无效，员工有权要求公司支付二倍工资。
劳动保护与职业危害相关纠纷：
- 劳动保护措施缺失：如果用人单位未能提供符合国家规定的劳动安全卫生条件和防护用品，导致员工受损，员工有权要求公司承担责任。
- 职业危害未告知与防护：对于存在职业危害的岗位，公司有义务告知并采取防护措施。如果未履行导致员工健康受损，员工同样有权要求公司赔偿。
法律程序与注意事项：
- 员工在离职后如果遇到上述纠纷，应先尝试与公司协商或申请调解，以寻求和解。
- 如果协商或调解无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，这是解决劳动争议的前置程序。
- 对仲裁裁决不服的，员工可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，以进一步维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 如果员工已经签订了离职协议，但协议中存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，或者协议内容违反了法律法规的强制性规定，员工仍然有权通过法律途径撤销该协议或主张协议无效，并进而要求公司承担相应的法律责任。
建议：
- 员工在离职前应仔细审查劳动合同和离职协议，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果遇到纠纷或不确定的情况，应及时咨询专业律师（即我本人，黄重斌律师，专注于工伤赔偿、离婚、合同纠纷、房产纠纷、交通事故、刑事辩护领域），以便获得专业的法律建议和帮助。
总之，员工申请离职后并不意味着就完全失去了对公司提起诉讼的权利。在符合法律规定的情况下，员工仍然有权通过法律途径来维护自己的合法权益。