“12小时两班倒”的工作制度是否违法，需结合具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断，不能一概而论地说它合法或违法。以下从不同角度为你详细分析：

工时制度类型与法律规定

我国主要实行标准工时制，即劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（《劳动法》第三十六条）。不过，因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，如不定时工作制和综合计算工时工作制。

不同情形下的合法性分析

1. 标准工时制下

   • 违法情形：若用人单位未经批准，擅自实行“12小时两班倒”，导致劳动者工作时间明显超出每日八小时、每周四十四小时的标准，且未依法支付加班费，那么这种工作制度就是违法的。同时，用人单位还应保证劳动者每周至少休息一日，否则也构成违法。
   • 举例：某工厂未与劳动者协商，也未经过劳动行政部门批准，就强制实行“12小时两班倒”，且不支付加班费，也不安排劳动者每周休息一日，这就违反了《劳动法》的相关规定。

2. 综合计算工时工作制下

   • 合法情形：经批准实行综合计算工时工作制的用人单位，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。若“12小时两班倒”的工作安排，在周期内工作时间总和未超标，且用人单位依法支付了加班费（超出部分视为延长工作时间），则不违法。
   • 违法情形：若周期内工作时间总和超标，且用人单位未依法支付加班费，则构成违法。
   • 举例：某企业经批准实行以月为周期的综合计算工时工作制，某月劳动者工作了30天，每天12小时，总工作时间为360小时，超过了月法定标准工作时间176小时，超出部分为184小时。若企业未依法支付这184小时的加班费，就违反了《劳动法》的规定。

3. 不定时工作制下

   • 合法性判断：不定时工作制下无固定上下班时间限制，因此单纯的“12小时两班倒”不能直接认定违法。但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，如保证劳动者每周至少休息一日等。
   • 举例：某销售岗位实行不定时工作制，因业务需要，销售人员有时需要工作12小时，但用人单位通过合理安排休息时间、支付加班费等方式，保障了销售人员的休息休假权利，这种工作制度就不违法。

加班费支付规定

无论何种工时制度，若用人单位安排劳动者延长工作时间，均需依法支付加班费：

• 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
• 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

特殊情况下的延长工作时间

在特定情况下，如因生产经营需要并经过工会和劳动者同意，企业可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。

法律后果

如果用人单位违反《劳动法》的规定，实行违法的“12小时两班倒”工作制度，可能面临以下法律后果：

• 行政处罚：由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款。
• 民事赔偿：劳动者有权要求用人单位支付加班费、经济补偿金等。

总结与建议： “12小时两班倒”的工作制度是否违法，需结合具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。如果你对所在单位的工作制度有疑虑或争议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供更准确的法律意见和帮助。