面对已经归还欠款但未能及时索回欠条，进而被起诉的复杂情况，您不必过于慌张，以下是一系列系统且有效的应对措施，旨在帮助您维护自身合法权益：

一、首要任务：全面收集并妥善保存还款证据

1. 银行转账记录：请务必保留所有通过银行转账还款的凭证，包括转账流水单、电子回单等。这些记录应清晰显示转账的金额、时间、双方账号等关键信息，是证明还款事实的有力证据。

2. 电子支付记录：若您使用微信、支付宝等第三方支付平台进行还款，请导出完整的支付记录，并截图保存转账详情，包括金额、时间、双方昵称及账号。这些电子证据同样具有法律效力。

3. 书面证据：如果可能，尽量要求债权人出具收据或签订书面协议，明确记载借款及还款的关键信息，如金额、时间、方式等。这将为您的还款事实提供直接且有力的证明。

4. 聊天记录与录音录像：保留与债权人在还款前后的沟通记录，如微信、短信聊天或电话录音、录像资料。这些辅助证据可以进一步印证您的还款事实，但需确保内容完整、真实且未经篡改。

5. 证人证言：若还款时有第三方在场见证，其证言可作为重要证据。请记录下证人的联系方式和证言内容，以便在需要时调用。

二、积极应对：与对方沟通协商并按时应诉答辩

1. 直接沟通：首先尝试与债权人进行友好沟通，提醒其您已还款的事实，并展示您收集的还款证据。请求对方理解并归还欠条或出具收款确认，以避免不必要的法律纠纷。

2. 书面通知：若直接沟通无果，您可以通过邮政特快专递（EMS）等方式发送书面通知，正式告知还款情况并要求对方在一定期限内回应。请保留好送达凭证，以备不时之需。

3. 按时应诉答辩：在收到法院传票和起诉状副本后，务必在法律规定的期限内（一般为15日）向法院提交答辩状。详细说明借款已经偿还的事实和经过，并列举上述收集的还款证据。准时参加庭审，如实陈述案件事实，并根据法官的要求出示相关证据。

三、专业支持：寻求律师协助并考虑调解或诉讼

1. 咨询律师：法律程序复杂且专业性强，如果您对相关规定不熟悉，建议及时咨询专业律师。律师将根据您的具体情况提供法律建议，帮助您制定合适的应对策略。

2. 申请调解：在律师的协助下，您可以向人民调解委员会或其他相关调解机构申请调解。调解过程中，律师将协助您准备证据材料，提高调解成功率，从而以更温和的方式解决纠纷。

3. 提起诉讼：若对方仍坚持要求再次还款且拒绝承认还款事实，您可以在律师的指导下向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼中，您需要提供充分且有力的证据来支持自己的主张。法院将根据双方提供的证据进行审理并作出判决。

四、注意事项

• 在整个过程中，请务必保持冷静和理性，避免情绪化的行为影响问题解决。
• 所有证据材料均应妥善保管，防止丢失或损坏。如有必要，可进行公证或鉴定以确保其真实性和有效性。
• 在涉及法律程序时，请务必遵循相关法律法规的规定和要求，确保自身行为的合法性和正当性。

综上所述，通过积极收集证据、妥善应诉、寻求专业帮助以及注意诉讼时效等措施，您可以有效地应对因未及时索回欠条而被起诉的情况，并维护自身的合法权益。