若被投诉存在劳动关系但未依法发工资报税，用人单位需从以下方面进行说明和应对：

1. 核实投诉内容真实性
   首先需确认投诉人主张的劳动关系是否存在，以及是否确实存在未足额支付工资、未依法代扣代缴个税等情形。若投诉内容不属实，需准备劳动合同、工资发放记录（银行流水、工资条）、考勤记录、社保缴纳凭证等材料，证明双方存在合法劳动关系且已依法履行义务。
   例如：若投诉人主张未发工资，但用人单位能提供银行转账记录显示工资已按月发放，则可反驳投诉不实。

2. 若存在未依法发工资报税的情形，需主动整改并说明原因

   • 未足额支付工资：需说明未足额支付的原因（如经营困难、计算错误等），并补发差额工资。若因经营困难暂时无法支付，需提供财务报表、资金流水等证明，并制定还款计划。
     
   • 未依法代扣代缴个税：需立即补缴税款及滞纳金，并向税务机关说明情况（如财务人员疏忽、系统错误等）。若投诉人主张的个税计算有误，需提供工资构成、专项附加扣除等证明材料，重新核算应纳税额。
     法律依据：根据《劳动法》第五十条，用人单位必须足额支付劳动报酬；根据《税收征收管理法》第六十九条，扣缴义务人应扣未扣税款的，税务机关可追缴税款并处罚款。

3. 与投诉人协商解决
   若投诉内容部分属实，建议主动与投诉人沟通，协商解决方案（如补发工资、补缴个税、支付经济补偿等），并签订书面协议，避免矛盾升级。若协商无果，可申请劳动仲裁或向税务机关举报处理。

4. 准备应诉材料（如被起诉或行政处罚）

   • 劳动争议：需准备劳动合同、工资记录、考勤记录、规章制度等证据，证明用人单位已依法履行义务。
     
   • 税务行政处罚：需提供税务申报记录、完税凭证、财务账簿等，证明已依法申报纳税或存在合理抗辩理由（如不可抗力、政策误解等）。
     

温馨提示：劳动关系中的工资支付和税务申报是法定义务，用人单位应定期自查，避免因疏忽引发法律风险。若您需要进一步分析具体案件情况或准备应诉材料，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细建议。