单位科级干部因私出国境逾期不归的，单位可依据内部规章制度及国家法律法规，视情节轻重给予相应处分，严重者可解除劳动合同或开除公职。具体分析如下：

1. 内部规章制度层面：

   • 单位通常会有针对员工因私出国境的管理规定，明确出国境的审批流程、期限以及逾期不归的处理措施。科级干部作为单位的中层管理人员，更应严格遵守这些规定。
   • 若科级干部逾期不归，单位首先会依据内部规章制度进行调查，了解逾期原因及具体情况。
   • 根据调查结果，单位会按照规章制度中的处分条款，给予相应的纪律处分，如警告、记过、降级等。

2. 国家法律法规层面：

   • 根据《中华人民共和国公务员法》及相关规定，公务员因私出国境需经单位批准，并按照批准的期限返回。逾期不归的，单位有权给予处分，直至开除公职。
   • 对于非公务员身份的科级干部（如事业单位、国有企业等），虽然具体规定可能有所不同，但通常也会参照公务员法的基本原则，制定相应的管理规定。
   • 若科级干部的逾期不归行为构成违法（如涉及逃税、走私等），单位还会依法将其移送司法机关处理。

3. 实际操作建议：

   • 单位在处理此类事件时，应确保程序合法合规，充分保障科级干部的合法权益，如听取其陈述和申辩、进行必要的调查等。
   • 对于逾期不归的科级干部，单位应与其进行沟通，了解其逾期原因及是否有合理理由。若存在特殊情况（如突发疾病、不可抗力等），单位可酌情考虑给予宽限或调整处理措施。
   • 若科级干部无正当理由逾期不归，且情节严重，单位应果断采取措施，按照内部规章制度和国家法律法规给予相应处分，以维护单位的正常管理秩序和公信力。

温馨提示：单位在处理科级干部因私出国境逾期不归的问题时，应综合考虑内部规章制度、国家法律法规以及实际情况，确保处理措施合法、合规、合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。