针对以联合开发名义已转出的划拨土地且合法建成仓储站的情况，需分步骤处理并注意以下法律要点：

1. 核查划拨土地转让的合法性

• 核心依据：根据《城市房地产管理法》第40条，划拨土地使用权转让需满足两个条件：
  （1）经市、县人民政府土地管理部门和房产管理部门批准；
  （2）土地使用者需补交土地使用权出让金或以转让、出租、抵押所获收益抵交。
  
• 操作建议：
  
  • 立即核查转让时是否取得政府批准文件及补交出让金的凭证；
    
  • 若未履行审批或补交程序，转让行为可能被认定为无效，需尽快补办手续或协商解除合同，避免行政处罚（如收回土地、罚款）。

2. 确认仓储站建设的合规性

• 规划许可：检查仓储站是否取得《建设工程规划许可证》及《施工许可证》，若未取得，可能涉及违章建筑，面临拆除风险。
  
  • 补救措施：若因历史原因未办证，可尝试申请补办或通过行政复议/诉讼确认合法性（需结合地方政策）。
    
• 土地用途：划拨土地通常用于公益事业或特定用途（如仓储需符合规划），若实际用途与批准用途不符，可能被要求整改或收回土地。
  
  • 建议：核对土地出让合同或划拨决定书中的用途条款，必要时申请变更用途并补缴出让金。

3. 联合开发协议的效力审查

• 合同风险：若联合开发协议未明确约定土地转让方式、收益分配等关键条款，或存在“以合法形式掩盖非法目的”（如规避土地出让规定），协议可能被认定无效。
  
  • 应对：委托律师审查协议条款，评估无效风险，并协商补充协议或通过诉讼确认权利义务。
    
• 合作方责任：若合作方未履行出资、建设等义务，可依据《民法典》合同编追究违约责任，要求赔偿损失或解除合作。

4. 行政与刑事风险防范

• 行政处罚：若存在未批先建、擅自改变用途等行为，可能面临罚款、限期拆除、收回土地等处罚。
  
  • 建议：主动与自然资源部门沟通，提交合规整改方案，争取从轻处理。
    
• 刑事风险：若涉及伪造公文、行贿等行为，可能触犯《刑法》第228条（非法转让土地使用权罪）或第342条（非法占用农用地罪）。
  
  • 警示：立即停止违法行为，配合调查，必要时委托律师介入刑事辩护。

5. 后续处理方案

• 方案一：补办手续：若土地转让和建设基本合规，尽快补交出让金、办理规划许可等手续，使项目合法化。
  
• 方案二：协商解除/重组：若合作方违约或手续无法补办，可协商解除合同、返还土地或重组项目（如引入新合作方）。
  
• 方案三：行政复议/诉讼：对政府处罚或合作方纠纷，可通过法律途径维权，但需评估成本与收益。

提示：此类案件涉及土地管理、合同、行政处罚等多领域法律问题，建议携带全部文件（如转让协议、政府批文、建设许可等）面谈，以便制定具体方案。