母亲没收儿子所有工资补助农村股份的行为，在一般情况下是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律角度
财产所有权：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公民的合法财产受法律保护，任何组织或者个人不得侵占、哄抢、破坏。工资补助和农村股份作为儿子的合法财产，其所有权归儿子所有，母亲无权擅自没收。
家庭关系与财产管理：
- 家庭成员之间应当互相尊重、互相帮助，维护平等、和睦、文明的家庭关系。母亲作为家庭成员之一，应当尊重儿子的财产权益，不得擅自处分其财产。
- 如果母亲认为儿子需要管理或指导其财产使用，应当通过沟通、协商等方式进行，而不是采取没收等强制手段。
二、实际情况与特殊考虑
儿子年龄与民事行为能力：
- 如果儿子是未成年人或限制民事行为能力人，母亲作为其法定监护人，有权在一定程度上管理其财产。但即便如此，母亲也应当为了儿子的利益而管理财产，不得擅自挪用或没收。
- 如果儿子已具备完全民事行为能力，母亲则无权干涉其财产处置。
家庭经济状况与共同生活需要：
- 在某些特殊情况下，如家庭经济困难或共同生活需要等，母亲可能需要与儿子协商使用其部分财产。但这种使用应当是基于双方自愿和公平的原则，而不是母亲单方面的决定。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果母亲擅自没收儿子的工资补助和农村股份，儿子有权要求母亲返还财产，并可能因此引发家庭矛盾或法律纠纷。
- 在极端情况下，如果母亲的行为构成犯罪（如侵占罪等），还可能面临刑事责任的追究。
建议：
- 儿子应当与母亲进行沟通，明确表达自己的财产权益和意愿，要求母亲尊重自己的财产所有权。
- 如果沟通无果，儿子可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
- 在必要时，儿子可以向法院提起诉讼，要求母亲返还被没收的财产。
总结与进一步思考：
母亲没收儿子所有工资补助农村股份的行为在法律上是不被允许的。家庭成员之间应当尊重彼此的财产权益，通过沟通、协商等方式解决财产管理问题。如果遇到类似情况，建议儿子首先与母亲进行沟通协商，如果无法解决，可以寻求法律援助或咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。