在质疑种子为假但无法提供相关证据的情况下，行政机关通常会按照以下方式处理：
初步审查与受理：
- 行政机关在接到投诉或举报后，会首先进行初步审查，判断投诉内容是否属于其管辖范围，以及是否具备基本的受理条件。在此阶段，即使投诉者无法提供直接证据，行政机关也可能基于投诉的合理性、投诉者的陈述以及相关线索，决定是否受理投诉。
调查取证：
- 若行政机关决定受理投诉，将启动调查程序。调查过程中，行政机关会依法行使职权，收集相关证据，包括但不限于对种子的抽样检测、询问相关当事人、查阅销售记录等。重要的是，行政机关在调查过程中并不完全依赖于投诉者的证据，而是会主动收集、分析证据，以形成完整的证据链。
证据评估与决定：
- 在收集到足够证据后，行政机关会对证据进行评估，判断种子是否确实存在质量问题或是否为假。若证据充分，能够证明种子为假或存在质量问题，行政机关将依法作出相应的行政处罚决定，如罚款、没收违法所得、吊销许可证等。
- 若证据不足，无法证明种子为假或存在质量问题，行政机关则可能作出不予处罚的决定，并告知投诉者其投诉不成立。在此情况下，投诉者若仍坚持其观点，可能需要通过其他途径（如民事诉讼）进一步寻求救济。
告知与救济途径：
- 无论行政机关作出何种决定，都会依法告知投诉者处理结果，并说明理由。若投诉者对处理结果不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护其合法权益。
针对投诉者的建议：
- 尽可能收集证据：尽管投诉者可能无法直接提供种子为假的证据，但仍应尽力收集与投诉相关的所有信息，如购买凭证、种子包装、照片、视频等，这些信息可能对行政机关的调查有所帮助。
- 配合行政机关调查：在行政机关调查过程中，投诉者应积极配合，提供必要的协助和信息，以便行政机关能够更全面地了解情况，作出公正的决定。
- 了解救济途径：若对行政机关的处理结果不服，投诉者应及时了解并行使自己的救济权利，如申请行政复议或提起行政诉讼。
针对行政机关的建议：
- 依法行使职权：行政机关在处理此类投诉时，应严格依法行使职权，确保调查程序的合法性和公正性。
- 注重证据收集与分析：行政机关应注重证据的收集与分析工作，确保形成的证据链完整、充分，能够支持其作出的决定。
- 保障投诉者权益：行政机关在处理投诉过程中，应充分保障投诉者的合法权益，及时告知处理结果和救济途径，确保投诉者能够依法维护自己的权益。