结论：房屋过户协议未写明面积时，能否只过户其中一部分需分情况讨论，主要取决于协议约定、双方协商及法律强制性规定。

1. 若协议未明确面积但约定了具体房号或位置
   若协议中虽未写明面积，但通过房号、楼层、具体位置（如“XX小区X栋X单元301室”）等唯一标识确定了房屋范围，且双方对“过户其中一部分”无争议（例如分割为独立产权的子单元），则可能通过补充协议明确分割方式后办理过户。
   关键点：需满足两个条件——①房屋本身可物理分割且符合产权登记要求（如独立门牌号、独立使用功能）；②双方对分割方案达成一致并签署书面补充协议。

2. 若协议未明确面积且房屋不可分割
   若房屋为整体结构（如一套住宅无法拆分为独立产权的多个部分），或双方对“过户其中一部分”存在争议（例如对分割范围、面积比例无法达成一致），则无法仅过户部分。此时需通过协商修改协议或解除合同解决。
   法律依据：根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让需经依法登记才发生效力。若过户内容不明确，登记机构可能拒绝办理部分过户。

3. 若协议存在歧义或漏洞
   若协议未写明面积且对“过户部分”的表述模糊（如“过户其中一间”但未明确具体房间），可能引发纠纷。此时需结合交易习惯、双方沟通记录等证据，通过诉讼或仲裁确定实际履行内容。
   风险提示：若无法证明双方对“部分过户”达成合意，法院可能以协议约定不明为由，驳回部分过户请求，甚至判决解除合同。

建议行动步骤：

1. 核查协议条款：确认是否通过其他方式（如附件图纸、房号）间接确定了房屋范围；
   
2. 协商补充协议：与对方明确分割方案（如面积比例、具体房间），并签署书面文件；
   
3. 咨询登记机构：向当地不动产登记中心确认房屋是否可分割登记；
   
4. 保留证据：保存沟通记录、付款凭证等，以备争议时使用。
   

若有进一步细节（如房屋结构、协议具体表述），可向我补充说明，我会结合实际情况提供更精准的分析。