结论：补偿协议中约定“签字并盖章”，若只签字未盖章，协议是否有效需分情况讨论，不能一概而论。
分析如下：
从合同成立与生效的角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。合同成立一般需要双方当事人意思表示一致，并可以通过书面、口头或其他形式表现出来。在书面合同中，签字或盖章通常是表示当事人意思表示一致的重要方式。
- 若补偿协议中明确约定了“签字并盖章”作为合同生效的条件，那么这一约定即成为合同生效的特别要件。在此情况下，如果协议只签字未盖章，可能因未满足生效条件而被视为未生效。但需注意，若双方已经实际履行了合同主要义务，且对方接受的，即使未签字盖章，合同也可能被认定为有效。
从签字与盖章的法律效力：
- 签字和盖章在法律上均具有表示当事人身份和确认合同内容的作用。签字是个人行为的直接体现，而盖章则通常代表法人或组织的意志。在合同中，签字和盖章往往共同构成对合同内容的确认。
- 若协议中仅约定“签字并盖章”，但未明确说明缺少其中一项会导致合同无效，且双方对合同内容无异议，已实际履行或部分履行，那么从维护交易稳定和诚实信用的原则出发，法院或仲裁机构可能会认定合同有效。
从实践中的操作与风险防范：
- 在实际操作中，为了避免因签字或盖章问题引发的纠纷，建议当事人在签订合同时，严格按照约定进行签字和盖章。如果因特殊原因无法同时完成签字和盖章，应及时与对方沟通并取得书面确认，以确保合同的效力。
- 对于已经签订但只签字未盖章的补偿协议，如果双方对合同内容无异议且已实际履行，可以视为合同有效。但如果一方对合同效力提出异议，且协议中明确约定了“签字并盖章”为生效条件，那么未盖章的一方可能面临合同无效的风险。
建议：
- 如果您是补偿协议的一方，且协议中约定了“签字并盖章”作为生效条件，但目前只签字未盖章，建议您尽快与对方沟通并完成盖章手续，以确保合同的效力。
- 如果对方拒绝盖章或无法联系到对方，且您认为合同内容对您有利且已实际履行，您可以考虑咨询专业律师，评估合同效力及可能面临的风险，并采取相应的法律措施。
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