关于公司报销时备注借款是否合法的问题，结论是：该行为本身并不直接违法，但需结合具体情境和公司财务制度来判断其合规性。以下从不同角度进行详细分析：
法律层面分析：
- 从法律角度来看，报销和借款是两种不同的财务行为。报销通常是对员工因公产生的费用进行补偿，而借款则是员工因个人或公司需要预先从公司借取的资金。在报销单上备注借款，并不直接违反任何法律法规，但关键在于这种备注是否真实反映了交易的本质，以及是否符合公司的财务管理规定。
- 如果报销单上的备注借款实际上是为了掩盖真实的报销内容，或者用于非法目的（如虚报费用、贪污等），那么这种行为就可能构成违法，甚至犯罪。
公司财务制度层面分析：
- 大多数公司都有明确的财务制度，规定报销和借款的流程、审批权限以及单据填写要求等。如果公司制度中明确规定报销单上不得备注借款，或者对借款和报销有严格的区分和审批流程，那么员工在报销单上备注借款就可能违反公司制度，导致报销被拒绝或受到其他纪律处分。
- 另一方面，如果公司制度允许或未明确禁止在报销单上备注借款，且这种备注是为了更清晰地说明报销费用的来源或性质（例如，员工先借款支付费用，后凭发票报销冲账），那么这种行为在符合公司制度的前提下是合法的。
实际操作建议：
- 对于员工：在填写报销单时，应严格按照公司财务制度的要求进行，确保单据的真实性和准确性。如果确实需要备注借款，应先了解公司制度是否允许，并确保备注内容真实反映了交易的本质。
- 对于公司：应建立健全的财务制度，明确报销和借款的流程、审批权限以及单据填写要求等。同时，加强对员工的财务培训，提高员工的财务意识和合规意识，确保公司财务活动的合法性和规范性。
总结来说，公司报销时备注借款本身并不直接违法，但需结合具体情境和公司财务制度来判断其合规性。为了避免不必要的麻烦和风险，建议员工在填写报销单时严格遵守公司制度，公司也应加强财务制度建设和员工培训。如果你有更具体的情境或问题，可以直接向我咨询，我会根据你的实际情况给出更详细的法律建议。