结论：公证书被法院认定无效后，原则上不需要再通过公证机构撤销，但需根据具体情况处理后续事宜。以下从法律背景、处理方式及可能后果三个角度详细说明：
一、法律背景：公证书无效的认定与撤销的关系
公证书无效的认定
根据《公证法》第三十九条，公证书的无效情形包括两类：
- 内容违法或与事实不符：如公证事项违反法律强制性规定（如虚假婚姻公证），或公证内容与客观事实严重不符（如伪造签名）。
- 其他错误：如程序瑕疵（未核实当事人身份）、表述歧义等不影响实体效力的错误。
若法院通过诉讼程序（如确认合同无效之诉）认定公证书内容违法或与事实不符，该公证书自始无效，无需公证机构另行撤销。
撤销程序的适用场景
公证机构撤销公证书的情形仅限于：
- 当事人或利害关系人向公证机构提出复查申请，且公证机构经审查确认公证书存在错误；
- 法院未直接认定公证书无效，而是通过司法建议等方式提示公证机构自行纠正。
关键点：若法院已通过生效判决明确公证书无效，公证机构无权再通过撤销程序改变司法认定结果。
二、处理方式：根据法院认定结果分情况处理
法院直接认定公证书无效
- 无需公证机构撤销：法院判决具有终局性，公证书自判决生效之日起无效。例如，在房屋买卖合同纠纷中，法院认定公证的授权委托书系伪造，则该公证书自始无效。
- 需公证机构公告：根据《公证法》第三十九条，公证机构应公告撤销无效公证书，但此为程序性要求，不影响法院对无效的认定。
- 证据效力排除：在后续诉讼中，无效公证书不得作为认定案件事实的依据。
法院未直接认定无效，但提示公证书可能存在错误
- 需启动复查程序：当事人应向出具公证书的公证机构提出书面复查申请，附法院判决或相关证据。
- 公证机构审查期限：公证机构需在收到申请后15日内完成审查，若确认错误应撤销并公告；若维持公证书效力，当事人可就原争议（如合同效力）另行起诉。
三、可能后果：未正确处理无效公证书的风险
公证机构未公告撤销的法律后果
- 若公证机构未履行公告义务，不影响法院对公证书无效的认定，但可能损害其他利害关系人（如善意第三人）的权益。例如，在继承纠纷中，无效的遗嘱公证书未被公告撤销，可能导致其他继承人误信公证书效力而放弃权利。
当事人未及时处理无效公证书的风险
- 若公证书涉及财产处分（如房屋过户公证），即使被法院认定无效，若未通过公证机构撤销或更正，可能影响后续产权登记或交易安全。例如，卖方持无效公证书办理过户后，买方可能因公证书无效面临产权纠纷。
四、实务建议：如何高效解决无效公证书问题
- 优先通过诉讼确认无效：若公证书内容违法或与事实不符，直接向法院提起确认无效之诉（如确认合同无效之诉），法院判决效力高于公证机构撤销决定。
- 同步申请公证机构复查：在诉讼过程中或判决后，向公证机构提交复查申请，要求其公告撤销无效公证书，避免后续纠纷。
- 注意时效限制：向公证机构申请复查的期限为自知道或应当知道公证书错误之日起1年（重大错误不受此限），逾期可能丧失救济权利。
总结：公证书被法院认定无效后，无需再通过公证机构撤销，但需关注公证机构是否履行公告义务，并根据具体情形处理后续财产或权利登记问题。若有进一步疑问，可直接向我咨询婚姻家庭、房产纠纷等领域的法律问题。