公证书撤销后，原协议是否有效需分情况讨论，核心结论如下：

1. 公证书撤销不直接否定原协议效力

• 法律依据：根据《中华人民共和国公证法》第三十九条，公证书被撤销仅表明公证过程存在错误（如内容违法、与事实不符或程序违法），但不直接否定原协议的法律效力。
• 法律逻辑：公证书的作用是证明协议的真实性与合法性，其撤销仅意味着公证环节存在瑕疵，而非协议本身无效。若协议符合《民法典》第一百四十三条规定的民事法律行为有效条件（行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定及公序良俗），则协议仍有效，双方需继续履行。

2. 公证书撤销可能触发协议可撤销情形

• 例外情形：若公证书撤销的原因是协议本身存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等可撤销事由，则当事人可在知道撤销事由之日起一年内行使撤销权。
• 法律后果：协议被撤销后，自始无效，双方需返还财产，过错方需赔偿损失。例如，若协议因欺诈被公证，后公证书因内容违法被撤销，受欺诈方可主张协议无效并要求赔偿。

3. 公证书撤销对第三方的影响

• 复杂情形：若协议已依据公证书产生法律后果（如财产转移、权利变更），且第三方基于对公证书的信赖参与交易，则撤销公证书可能影响第三方权益。
• 处理原则：此时撤销程序更复杂，需平衡原协议双方与第三方的利益。例如，在涉及多方合作的商业项目中，公证书可能与资金分配、权益划分密切相关，随意撤销可能打乱整个项目的法律关系和权益架构。

4. 实务建议

• 审查协议内容：若公证书被撤销，首先审查协议是否符合有效要件，是否存在可撤销事由。
• 评估法律后果：若协议已产生法律后果，需评估撤销公证书对第三方的影响，必要时通过协商或诉讼解决争议。
• 及时行使权利：若发现协议存在可撤销事由，应在法定期限内行使撤销权，避免丧失权利。

总结：公证书撤销不必然导致原协议无效，需结合协议内容、法律要件及第三方权益综合判断。若您遇到具体问题，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律分析。