法院撤销的协议自始无效，但撤销的正式法律效力自法院判决生效时起始。以下是对此问题的详细分析：

一、协议撤销的效力起始

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，被撤销的协议自始没有法律约束力。这意味着，一旦协议被法院撤销，其无效性并非从撤销那一刻开始，而是追溯到协议成立之时就已不具法律效力。例如，若甲乙双方签订了一份因重大误解而订立的协议，后经法院审查并撤销该协议，那么该协议从签订之日起就视为无效。

二、已履行部分的处理

对于协议已履行的部分，法律有明确的处理办法。若当事人因该协议获得了财产，应将其返还。要是无法返还或者没必要返还，就要进行折价补偿。以买卖合同为例，若买方已支付货款，卖方也交付了货物，但合同因欺诈被撤销，那么卖方应返还买方支付的货款，买方应返还卖方交付的货物。若货物无法返还（如已消耗或损坏），则卖方需对买方进行折价补偿。

三、过错责任承担

若协议撤销存在过错方，有过错的一方需赔偿对方因此遭受的损失。若双方都有过错，就各自承担相应责任。例如，在上述买卖合同案例中，若卖方故意隐瞒货物的质量问题导致合同被撤销，那么卖方需承担赔偿责任，赔偿买方因此受到的损失。

四、具体情形示例与法律后果

在实际操作中，因重大误解、欺诈、胁迫等情况订立的协议，一旦被法院撤销，就会产生上述法律后果。这样的规定能有效保障当事人的合法权益，维护市场交易的公平公正。例如，小何与小李签订了一份货物买卖合同，小何在签订合同时因小李故意隐瞒货物存在质量瑕疵的重要信息而产生重大误解。合同签订后，小何按约支付了货款，小李也交付了货物。小何使用货物时发现质量问题，遂向法院请求撤销该合同。法院若撤销该合同，则此合同自始没有法律约束力，小李应返还小何支付的货款，若货物不能返还，应折价补偿。同时，小李因故意隐瞒质量问题存在过错，还需赔偿小何因此受到的损失。

五、撤销权的行使期限

需要注意的是，撤销权是有一定行使期限的。要是超过期限没行使，撤销权就消失，那协议就又有效。因此，当事人在发现协议存在可撤销情形时，应及时向法院或仲裁机构申请撤销，以免错过行使撤销权的期限。

总结与建议：

法院撤销的协议自始无效，但撤销的正式法律效力自法院判决生效时起始。当事人在面对此类情况时，应及时咨询专业律师（即我本人，郭劲律师，专注于保险理赔、建设工程领域），以便准确理解自己的权利和义务，妥善处理后续事宜，包括财产返还、损失赔偿等问题。同时，也要注意撤销权的行使期限，以免错过行使权利的机会。