公证的协议书通常具有法律效力。公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。经过公证的协议书，在法律上被视为具有更高的证明力和公信力，可以作为证据在诉讼中被法院采信，增强协议书的执行力。
然而，也需要注意以下几点：
公证并非使协议书绝对有效：若协议书本身存在违反法律法规等无效情形，即使经过公证也无效。例如，协议内容违法、协议双方不具备相应的民事行为能力、协议存在欺诈或胁迫等情形，都可能导致协议无效。
公证不能替代协议双方的真实意思表示：如果协议双方在签订协议时存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情况，即使协议经过公证，也可能被认定无效。
公证的效力并非绝对不可推翻：如果存在相反证据足以证明公证协议存在法定可撤销情形，或违反法律法规强制性规定等，公证的协议仍可能被认定为无效或可撤销。
综上所述，公证的协议书在法律上通常具有效力，但并非绝对。在签订和履行协议过程中，双方仍应遵守法律法规，确保协议内容的合法性和真实性。如有任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。