面对在职员工因参加劳动仲裁而公司不批假的情况，你可以按照以下详细且系统的步骤来维护自己的合法权益：
一、确认是否符合劳动仲裁受理范围
首先，你需要明确公司不批假的行为是否违反了《劳动法》及相关规定，或者公司内部合法的请假规章制度，并且这一行为确实给你造成了实际权益的损害。比如，公司因你不合理的请假申请未获批而错误地扣除了你的工资，或者不批假导致你身心健康受损等。如果公司只是正常行使管理权，不批准非必要的请假申请，且未侵犯你的法定权益，那么这可能不属于劳动仲裁的受理范畴。
二、准备必要的仲裁材料
在确认符合受理范围后，你需要准备以下材料：
仲裁申请书：详细列明你与公司（用人单位）的基本信息，包括姓名、联系方式、公司名称、地址等，以及你的仲裁请求（如要求公司支付被扣除的工资、赔偿因不批假造成的损失等）和具体事实和理由。同时，附上相关证据清单。
个人身份证明：提供你的身份证原件及复印件，以证明你的身份。
劳动关系证明：包括劳动合同、工资条、银行转账记录、工作证、考勤记录等，这些材料可以证明你与公司之间存在劳动关系。
关键证据：收集请假申请记录（如邮件、短信、聊天记录截图等）、不合理的工资扣除证明（如工资条、银行转账记录显示工资被扣除等），这些证据可以证明公司的不当行为及对你造成的损害。
三、确定管辖的仲裁委员会
根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动争议由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。你需要确定哪个仲裁委员会对你的案件有管辖权，并前往该仲裁委员会提交申请。如果双方分别向不同地点的仲裁委员会申请仲裁，则由劳动合同履行地的仲裁委员会负责处理。
四、正式申请仲裁流程
提交仲裁申请：携带准备好的所有材料至当地劳动争议仲裁委员会，填写并提交仲裁申请登记表。
受理审查：仲裁委员会将在五日内审查你的申请材料。如果符合受理条件，仲裁委员会将正式受理你的案件，并书面通知你；如果不符合受理条件，仲裁委员会将说明理由不予受理。
答辩准备：在收到仲裁申请书副本后，公司（被申请人）需在十日内提交答辩书。如果公司未提交答辩书，这并不影响仲裁程序的进行。
五、参与仲裁庭审
仲裁庭组成：仲裁委员会将及时通知你和公司仲裁庭的组成情况，包括仲裁员、书记员等。
开庭通知：仲裁庭至少提前五日书面通知开庭日期、地点。如果你有特殊情况需要延期开庭，可以向仲裁委员会申请延期，但需仲裁委员会决定。
庭审过程：在庭审过程中，你需要充分阐述自己的观点，提供相关证据支持你的诉求。庭审过程包括陈述仲裁请求、事实理由、举证质证、辩论、最后陈述等环节。
调解与裁决：仲裁庭会优先尝试调解，如果双方能够达成协议，仲裁庭将制作调解书；如果调解不成或公司反悔，仲裁庭将及时作出裁决。
六、执行裁决结果
自觉履行：鼓励公司按裁决来履行义务，避免不必要的法律后果。
申请强制执行：如果公司拒不履行裁决，你可以在裁决规定的期限届满后，向人民法院申请强制执行，确保裁决得到有效执行。
七、重要提醒
在整个过程中，了解并遵循当地的劳动争议仲裁委员会的具体受理流程和要求至关重要。你可以提前咨询仲裁委员会或查阅相关法律法规，以确保你的申请符合规定。
保持冷静和理性，在协商和仲裁过程中，依据事实和法律条款来表达自己的诉求。避免情绪化或过激的行为，以免影响仲裁结果。
重视证据的收集和保存，这是支撑你仲裁请求的关键。确保你提供的证据真实、合法、有效，并能够充分证明你的诉求。
通过上述步骤，你可以系统地、有效地应对因公司不批假而引发的劳动纠纷，依法维护自身的合法权益。