关于先和总公司建立劳动关系，再和分公司建立劳动关系时的仲裁时效问题，结论是：仲裁时效的计算需根据具体情况来确定，主要取决于劳动者何时知道或应当知道其权利被侵害。以下从不同角度为你详细分析：
一、仲裁时效的一般规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这是处理劳动争议仲裁时效问题的一般原则。
二、具体情境下的仲裁时效计算
劳动关系连续转移的情况：
- 如果劳动者先与总公司建立劳动关系，随后在劳动关系存续期间被转移至分公司，且这一转移过程并未导致劳动者的权益受到实质性侵害（如工资、福利、工作条件等未发生不利变化），那么仲裁时效通常不会因劳动关系的转移而重新计算。
- 在这种情况下，如果后续发生劳动争议，仲裁时效仍然从劳动者知道或应当知道其权利被侵害之日起计算，且通常不会超过自劳动关系建立之日起的一年（除非存在特殊情况，如劳动者在劳动关系存续期间一直不知情，且该不知情非因其自身过错导致）。
劳动关系非连续转移或存在争议的情况：
- 如果劳动者与总公司的劳动关系终止后，再与分公司建立新的劳动关系，且在这一过程中或之后发生劳动争议（如工资拖欠、未签劳动合同等），那么仲裁时效将从劳动者知道或应当知道其在新劳动关系中的权利被侵害之日起计算。
- 例如，如果劳动者在分公司工作期间发现分公司未为其缴纳社会保险费，且该发现之日距离其与分公司建立劳动关系已超过一年，但劳动者能证明其在一年内因非自身原因（如分公司隐瞒、欺骗等）而不知情，那么仲裁时效可能从劳动者实际知道或应当知道之日起计算。然而，这种情况下的具体时效计算需根据案件事实和证据来综合判断。
三、特殊情况下的仲裁时效延长
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第三款的规定，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断的，从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
- 此外，如果因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
四、建议与提醒
- 及时主张权利：无论劳动关系如何转移或变更，劳动者都应密切关注自己的权益状况，一旦发现权益受到侵害，应及时向用人单位主张权利或向相关部门请求权利救济。
- 保留证据：在劳动关系转移或变更过程中，劳动者应妥善保留与劳动关系相关的证据（如劳动合同、工资单、工作证等），以便在发生劳动争议时能够证明自己的权益状况。
- 咨询专业律师：如果劳动者对仲裁时效的计算或劳动争议的处理存在疑问或困惑，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁的问题，欢迎直接向我咨询。