结论：楼上两室改成三室出租的合法性，取决于改造行为是否符合建筑安全、消防规定，是否得到房屋产权人同意，以及是否遵守当地房屋租赁管理规定。若违反相关规定，则此改造出租行为是违法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法情况分析
符合建筑安全与消防规定：
- 改造行为不得拆除承重墙或破坏房屋主体结构，必须确保房屋的整体安全性能和正常使用功能不受影响。例如，若改造过程中拆除了承重墙，将严重威胁整栋楼的安全，这是绝对禁止的。
- 改造后的房屋必须符合消防安全要求，如合理设置消防通道、配备足够的消防设施等。若改造后的房屋存在消防隐患，如消防通道被堵塞或消防设施缺失，则不符合消防规定。
得到房屋产权人同意：
- 如果是承租人进行改造并转租，必须事先获得房屋产权人的明确同意。未经产权人同意擅自改造并转租，属于违法行为。
不违反租赁合同约定：
- 改造行为不得违反原租赁合同中的相关约定。若租赁合同中明确禁止承租人对房屋进行改造或转租，则承租人不得擅自进行改造。
符合当地房屋租赁管理规定：
- 需遵守当地政府关于房屋租赁市场的具体管理规定，如出租房屋的最小出租单位、人均居住面积等标准。例如，某些地区可能规定出租房屋的最小出租单位为原设计的房间，且人均租住建筑面积不得低于当地规定的最低标准。
二、违法情况分析
违反建筑安全法规：
- 如拆除承重墙、破坏房屋主体结构等，将严重威胁整栋楼的安全，违反《建设工程质量管理条例》等相关法规。一旦被发现，相关部门将责令整改、恢复原状，并可处以罚款。
违反消防规定：
- 改造后的房屋若不符合消防安全要求，如未设置消防通道、消防设施配备不足等，将违反《中华人民共和国消防法》。此类场所不得用于出租经营等活动，违规者将面临罚款、责令停产停业等处罚。
违反房屋租赁管理规定：
- 根据《商品房屋租赁管理办法》第八条，出租住房应以原设计的房间为最小出租单位，且人均租住建筑面积不得低于当地规定的最低标准。若改造后的出租房违反这些规定，如将两室改成三室后，导致人均居住面积低于当地最低标准，则属于违法行为，并可能受到相应处罚。
三、违法后果与注意事项
行政处罚：
- 违法出租行为可能导致出租人面临五千元以上三万元以下罚款的行政处罚。具体罚款金额将根据违法情节的严重程度和当地政府的规定而定。
合同无效：
- 因违法出租导致的租赁合同可能被认定为无效。出租人需承担由此产生的法律后果，如退还租金、赔偿损失等。
赔偿损失：
- 若违法出租行为给承租方造成损失，出租人还需承担相应的赔偿责任。例如，因改造行为导致房屋存在安全隐患，给承租人造成人身伤害或财产损失的，出租人需承担赔偿责任。
注意事项：
- 房产证上通常有明确条款禁止私自改动房屋整体结构或危害房屋安全。承租人应合理使用房屋，不得损害其他业主和使用人的合法权益。
- 若因擅自改造房屋和拆改室内设施造成损坏，出租人有权请求修理、重作、更换或恢复原状。
建议：在进行房屋改造并出租前，建议充分了解相关法律法规和当地政策要求，并确保改造行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。