在股权受让人起诉公司要求协助办理变更登记的案件中，被告应设置为目标公司本身，若存在其他阻碍变更登记的过错方（如原股东不配合），可考虑将其列为第三人或共同被告。以下是具体分析：

1. 核心被告：目标公司
   根据《公司法》及《公司登记管理条例》，公司有义务配合股东办理股权变更登记手续。若公司拒绝或拖延办理，受让人可直接以公司为被告提起诉讼，要求其履行法定协助义务。这是此类案件中最直接、最常见的被告设置方式。

2. 其他相关方的诉讼地位

   • 原股东（出让方）：若原股东存在过错（如未签署变更文件、拒不配合等），通常不作为被告，但可申请追加为第三人，以便查明事实或明确责任。
     
   • 其他股东或高管：若变更登记需其他股东签字或高管配合（如章程修改），且相关方拒绝配合，可考虑将其列为第三人或共同被告，但需根据具体案情判断必要性。
     
   • 实际控制人或隐名股东：若争议涉及实际控制权或隐名协议，可能需根据协议约定或实际履行情况确定是否追加相关方。

3. 实务建议

   • 优先起诉公司：公司是法定登记义务主体，直接起诉公司效率最高。
     
   • 证据准备：需提供股权转让协议、付款凭证、公司章程、股东会决议等证明受让方已合法取得股权且公司应配合变更的证据。
     
   • 灵活追加第三人：若公司抗辩称“未收到原股东配合文件”或“其他股东反对”，可申请追加原股东或其他相关方为第三人，以便查清事实。
     

总结：股权受让人起诉时，被告一般为公司；若存在其他阻碍变更的过错方，可根据案情追加为第三人或共同被告。具体操作需结合合同约定、公司章程及实际履行情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案情。