在公司变更登记纠纷中，确定被告主体是诉讼的关键一步。以下是对此问题的详细解答：

一般情况下，公司变更登记纠纷中的被告为公司本身。因为公司作为具有独立法人资格的民事主体，是变更登记的直接义务承担者。当公司拒绝或怠于办理变更登记时，应以其为被告提起诉讼。

特殊情形下，被告或可能包括的其他主体有：

1. 公司董事、高级管理人员：若他们故意不履行职责，导致公司未能及时办理变更登记，损害了股东或其他利害关系人的利益，根据忠实义务和勤勉义务的要求，他们可能成为被告。

2. 其他股东：部分股东滥用权利阻止必要的登记变更，且这种反对无正当理由并影响了公司运营和其他股东权益时，这些股东也可被列为被告。

3. 实际控制人：虽非公司股东，但能实际支配公司行为。若实际控制人操纵公司拒绝办理变更登记，损害他人利益，同样可能成为被告。

4. 工商部门：若工商部门在变更登记过程中存在不作为或违法行为，股东或公司可直接以工商部门为被告提起行政诉讼。

此外，还有一些特殊情形下的被告确定：

• 公司合并或分立：合并后以合并后的企业法人为被告；分立后以分立后的法人作为共同被告。
• 股东权确权纠纷：股东与公司间因股东权争议提起的诉讼，一般以股东为原告，公司为被告。
• 股权转让纠纷：公司违反法律或章程规定限制股权转让，受侵害的股东可以公司为被告提起侵权之诉。

举例说明：

假设某公司拒不执行股东会关于变更法定代表人的决议，股东可提起民事诉讼，以公司为被告，要求按股东会决议办理工商变更。此时，公司即为被告主体。

综上所述，在公司变更登记纠纷中，被告主体通常为公司本身，但在特定情形下也可能包括公司董事、高级管理人员、其他股东、实际控制人甚至工商部门等。具体被告的确定需依据实际情况和法律法规综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。