核心结论：针对您描述的情况，若因安置用地手续不全导致集体建地基，且建好后未付款被承包商起诉，您需要从法律责任认定、应对诉讼策略、后续风险防范三个角度综合处理。以下是具体分析：
1. 法律责任认定：合同效力与付款义务的独立性
- 合同效力问题：若安置用地手续不全（如未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等），根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的合同可能被认定无效。但需注意，若手续不全仅涉及行政处罚（如罚款、补办手续），而非根本性违法（如占用耕地、生态保护区），合同可能仍有效。
- 付款义务：即使合同无效，根据《民法典》第793条，若承包商已实际完成施工且工程质量合格，您仍需支付对应价款（通常按折价补偿原则处理）。若工程质量不合格，您可主张减少价款或拒绝支付。
2. 应对诉讼策略：证据收集与抗辩理由
- 证据收集：
- 证明用地手续不全的文件（如政府文件、规划部门答复）；
- 施工合同、验收报告、付款记录（如有）；
- 工程质量检测报告（若存在质量问题）；
- 沟通记录（如微信、邮件中对方承认手续不全或同意延期付款的证据）。
- 抗辩理由：
- 合同无效抗辩：主张合同因违反强制性规定无效，要求按实际工程量折价补偿；
- 质量瑕疵抗辩：若工程存在质量问题，可反诉要求承包商修复或赔偿损失；
- 同时履行抗辩权：若合同约定“手续齐全后付款”，可主张对方未履行先义务（如补办手续），拒绝付款。
3. 后续风险防范：补办手续与协商解决
- 补办用地手续：尽快向自然资源部门申请补办建设用地规划许可、工程规划许可等手续，降低行政处罚风险（如罚款、拆除），同时增强合同效力的法律基础。
- 协商和解：若诉讼成本过高或证据不足，可主动与承包商协商分期付款、减免部分费用或以其他资产抵债，争取达成调解协议（法院出具的调解书具有强制执行力）。
- 反诉准备：若承包商存在违约行为（如逾期完工、使用劣质材料），可提起反诉要求赔偿，平衡双方利益。
4. 特殊情形提示
- 集体决策程序：若建地基是集体决策行为（如村民会议决议），需确认决议程序是否合法（如是否经2/3以上村民同意）。若程序违法，可能面临集体成员追责风险。
- 行政处罚风险：用地手续不全可能引发自然资源部门查处，建议同步咨询行政法律师，评估行政处罚风险并制定应对方案。
建议行动步骤：
- 立即整理所有相关合同、沟通记录、工程文件；
- 委托专业律师分析合同效力及证据链；
- 根据律师建议选择协商、应诉或反诉；
- 同步推进用地手续补办工作。
如有进一步细节（如合同具体条款、工程现状等），可直接向我补充说明，我将为您定制更精准的解决方案。