若双方恶意串通并通过法院调解达成协议，该调解协议通常会被认定为无效，且相关人员可能会面临法律责任。以下从几个方面进行详细分析：
一、恶意串通调解协议的效力
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。这一原则同样适用于通过法院调解达成的协议。如果调解协议是双方恶意串通的结果，且损害了国家、集体或第三人的利益，那么该协议将被认定为无效。
无效后果：
- 一旦调解协议被认定为无效，它自始就没有法律约束力。这意味着，协议中的条款对双方都不产生法律效力，双方需要恢复到协议签订前的状态。
- 如果因恶意串通调解协议给国家、集体或第三人造成了损失，相关责任人还需要承担赔偿责任。
二、恶意串通调解的法律责任
民事责任：
- 恶意串通调解的双方可能需要承担因协议无效而产生的民事责任，包括赔偿因协议无效给对方或第三人造成的损失。
刑事责任（如构成犯罪）：
- 如果恶意串通调解的行为构成了犯罪，如诈骗罪、妨害作证罪等，相关责任人还可能面临刑事追究。这取决于具体行为的性质和情节严重程度。
三、如何应对恶意串通调解
提出异议：
- 如果发现调解协议是双方恶意串通的结果，且损害了自己的合法权益，可以在法定期限内向法院提出异议，请求法院撤销或确认调解协议无效。
收集证据：
- 为了支持自己的异议请求，需要收集充分的证据来证明调解协议是双方恶意串通的结果。这可能包括书面证据、证人证言、录音录像等。
寻求法律帮助：
- 在处理恶意串通调解问题时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、协助收集证据、代表出庭等法律服务，以维护你的合法权益。
四、实际案例参考
- 在实际司法实践中，已经有多起因双方恶意串通通过法院调解而引发的案件。这些案件中，法院通常会对调解协议进行严格审查，一旦发现存在恶意串通的情况，就会依法确认调解协议无效，并追究相关责任人的法律责任。
总结与建议：
- 双方恶意串通通过法院调解达成的协议是无效的，且相关人员可能会面临法律责任。
- 如果你发现自己或他人陷入了恶意串通调解的困境，建议及时提出异议并收集充分证据来支持自己的主张。
- 在处理此类问题时，寻求专业律师的帮助是非常重要的。律师可以提供专业的法律意见和协助，以维护你的合法权益。
如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。