在法院调解后，如果双方之间仍然存在矛盾，处理的方式主要依赖于矛盾的性质和具体情况。以下是对此问题的全面分析：

1. 调解协议的执行问题：

   • 如果调解协议已经达成，但一方或双方对协议的执行存在争议，首先应当尝试通过友好协商的方式解决。
   • 如果协商无果，可以向法院申请强制执行调解协议。法院会根据协议内容和双方提交的证据，决定是否予以执行。

2. 调解协议的内容争议：

   • 如果双方对调解协议的具体内容存在理解上的分歧，应当首先查阅调解笔录和调解书，明确协议的具体条款和双方的真实意图。
   • 如果仍然无法达成一致，可能需要通过诉讼程序来解决争议，此时法院将依据相关法律规定和证据来作出判决。

3. 新情况或新证据的出现：

   • 如果在调解后出现了新的情况或证据，且这些新情况或证据足以影响原调解协议的执行或有效性，双方可以协商调整协议内容。
   • 如果协商不成，同样需要通过诉讼程序来解决争议。

4. 调解程序的瑕疵：

   • 如果双方认为调解程序存在瑕疵，如调解员存在偏袒、调解过程不公正等，可以向法院提出异议。
   • 法院会对异议进行审查，并根据审查结果决定是否重新进行调解或直接作出判决。

综上所述，法院调解后双方有矛盾的处理方式主要依赖于矛盾的具体性质和情况。在任何情况下，双方都应当保持冷静和理性，通过合法途径来解决争议。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。