结论：在独资公司与另一个公司交易时，若其中一个公司存在违法行为，交易款项能否要回需视具体情况而定，包括违法行为的性质、对交易的影响以及相关证据的收集等。以下从不同角度进行分析：
一、违法行为的性质与影响
违法行为与交易直接相关：
- 如果违法行为直接影响了交易的合法性或有效性，例如通过欺诈、胁迫等手段达成交易，那么根据《民法典》的相关规定，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该交易，并要求对方返还交易款项。
- 法律依据：《民法典》第一百四十八条（欺诈）、第一百五十条（胁迫）等条款规定了因欺诈、胁迫等情形导致合同可撤销的情形。
违法行为与交易间接相关：
- 如果违法行为并未直接影响交易的合法性或有效性，但可能对交易对方的履约能力或信誉产生负面影响，那么交易款项的追回可能取决于交易对方的实际履约情况以及相关证据的收集。
- 在这种情况下，如果交易对方因违法行为导致无法履约或拒绝履约，受损害方可以通过法律途径追究其违约责任，并要求返还交易款项或赔偿损失。
二、证据收集与法律程序
证据收集：
- 无论违法行为与交易是否直接相关，收集相关证据都是追回交易款项的关键。这包括交易合同、付款凭证、通信记录、违法行为的相关证据等。
- 建议：在交易过程中，应妥善保存所有相关文件和通信记录，以便在需要时作为证据使用。
法律程序：
- 如果决定通过法律途径追回交易款项，需要遵循一定的法律程序。这通常包括向法院提起诉讼或申请仲裁，并提交相关证据以支持自己的主张。
- 流程：根据具体情况选择合适的法律程序（诉讼或仲裁），准备并提交起诉状或仲裁申请书及相关证据，参与庭审或仲裁程序，并等待法院或仲裁机构的裁决。
三、特殊情况考虑
交易对方破产或无力偿还：
- 如果交易对方因违法行为导致破产或无力偿还债务，那么追回交易款项的难度可能会增加。在这种情况下，可能需要通过破产程序或参与债务分配来争取部分或全部款项的返还。
涉及刑事犯罪：
- 如果违法行为涉及刑事犯罪，如诈骗、贪污等，那么受损害方可以向公安机关报案，并配合调查工作。在刑事案件处理过程中，如果犯罪嫌疑人被定罪并判处赔偿，那么受损害方有可能通过刑事附带民事诉讼或单独提起民事诉讼来追回交易款项。
综合建议：在面对此类情况时，我建议你首先收集并整理所有相关证据，包括交易合同、付款凭证、通信记录以及违法行为的相关证据等。然后，根据违法行为的性质和对交易的影响程度，评估追回交易款项的可能性。如果决定通过法律途径解决，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。