如果资金是违法所得，且双方当时是现金交接，后来当事人不承认，资金是否还能追回来，这需要分情况讨论：
有充分证据证明资金为违法所得且能证明交接事实：
- 在这种情况下，即使当事人后来不承认，只要执法机关或司法机关能够收集到充分的证据，如监控录像、证人证言、其他相关交易记录等，证明该资金确实为违法所得，并且能够证明双方进行了现金交接，那么资金是有可能被追回的。
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。因此，如果资金被认定为违法所得，执法机关有权进行追缴。
证据不足或无法证明交接事实：
- 如果执法机关或司法机关无法收集到足够的证据来证明该资金为违法所得，或者无法证明双方进行了现金交接，那么追回资金将会面临很大的困难。
- 在这种情况下，由于缺乏直接证据，执法机关可能无法对当事人进行法律追责，也就无法追回资金。此时，可能需要依赖其他间接证据或线索来进一步调查，但成功的可能性会相对较低。
针对您的情况，我有以下几点建议：
- 尽快收集证据：如果您认为资金是违法所得，并且您有相关的证据或线索，如交易记录、聊天记录、证人证言等，应尽快向执法机关或司法机关报案，并提供这些证据。
- 配合调查：在执法机关或司法机关进行调查时，应积极配合，提供必要的协助和信息。这有助于加快调查进程，提高追回资金的可能性。
- 咨询专业律师：由于涉及法律问题，且情况可能较为复杂，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据您的具体情况，为您提供更全面的法律分析和策略建议。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都是不同的，追回资金的可能性也会因案件而异。因此，在处理此类问题时，应尽可能收集并保留相关证据，以便在需要时提供有力的支持。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。