结论：分公司挂靠总公司，分公司的工程款打到总公司账户的情况，在法律上并不直接构成违法，但需要确保资金流转的合法性和合规性，同时要注意税务处理和合同条款的约定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 资金流转的合法性：

   • 合法挂靠：如果分公司与总公司之间存在合法的挂靠关系，且挂靠行为符合相关法律法规和行业规范，那么分公司的工程款打到总公司账户，可以视为一种合法的资金流转方式。但前提是，这种挂靠关系必须明确，且双方有明确的协议约定资金的处理方式。
   • 非法挂靠：如果挂靠行为本身违法，比如未经批准擅自挂靠，或者挂靠过程中存在欺诈、虚假陈述等违法行为，那么分公司的工程款打到总公司账户就可能涉及非法资金流转，需要承担相应的法律责任。

2. 税务处理：

   • 税务合规：无论资金如何流转，都必须确保税务处理的合规性。分公司和总公司应分别按照税法规定申报和缴纳税款，避免出现偷税、漏税等违法行为。
   • 税务筹划：在合法合规的前提下，分公司和总公司可以通过合理的税务筹划，优化税负结构，降低税收成本。但税务筹划必须基于真实的交易背景和合理的商业目的，不能违反税法规定。

3. 合同条款的约定：

   • 明确约定：分公司与总公司之间应签订明确的挂靠协议或合作协议，其中应包含资金流转、税务处理、利润分配等关键条款。这些条款应具体、明确，避免出现模糊不清或歧义的情况。
   • 履行协议：双方应严格按照协议约定履行各自的义务，确保资金流转的合法性和合规性。如果一方违反协议约定，应承担相应的违约责任。

4. 实际操作建议：

   • 建立内部管理制度：分公司和总公司应建立完善的内部管理制度，规范资金流转、税务处理等流程，确保各项操作的合法性和合规性。
   • 加强沟通与协调：双方应加强沟通与协调，及时解决资金流转、税务处理等问题，避免出现纠纷或争议。
   • 寻求专业法律意见：在涉及复杂法律问题时，分公司和总公司应寻求专业法律意见，确保各项操作的合法性和合规性。

后续行动建议：如果您或您的公司在实际操作中遇到相关问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。同时，也请注意保留好相关证据和文件，以便在需要时提供证明。